]> git.donarmstrong.com Git - biopieces.git/blob - code_perl/Maasha/Calc.pm
more updates of c and fixes to upload_to_ucsc
[biopieces.git] / code_perl / Maasha / Calc.pm
1 package Maasha::Calc;
2
3 # Copyright (C) 2007 Martin A. Hansen.
4
5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
8 # of the License, or (at your option) any later version.
9
10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
13 # GNU General Public License for more details.
14
15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
16 # along with this program; if not, write to the Free Software
17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
18
19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
20
21
22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
23
24
25 # This modules contains subroutines for simple algebra.
26
27
28 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
29
30
31 use strict;
32 use Data::Dumper;
33 use Storable qw( dclone );
34 use vars qw ( @ISA @EXPORT );
35 use Exporter;
36
37 @ISA = qw( Exporter );
38
39
40 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
41
42
43 sub is_a_number
44 {
45     # Identify if a string is a number or not.
46     # Taken from perldoc -q 'is a number'.
47
48     my ( $str,   # string to test
49        ) = @_;
50
51     # Returns boolean.
52
53     if ( $str =~ /^([+-]?)(?=\d|\.\d)\d*(\.\d*)?([Ee]([+-]?\d+))?$/ ) {
54         return 1;
55     } else {
56         return 0;
57     }
58 }
59
60
61 sub dist_point2line
62 {
63     # Martin A. Hansen, June 2004.
64
65     # calculates the distance from at point to a line.
66     # the line is represented by a beg/end set of coordinates.
67
68     my ( $px,    # point  x coordinate
69          $py,    # point  y coordinate
70          $x1,    # line 1 x coordinate
71          $y1,    # line 1 y coordinate
72          $x2,    # line 2 x coordinate
73          $y2,    # line 2 y coordinate
74        ) = @_;
75
76     # returns float
77        
78     my ( $dist, $a, $b );
79
80     $a = ( $y2 - $y1 ) / ( $x2 - $x1 );
81
82     $b = $y1 - $a * $x1;
83
84     $dist = abs( $a * $px + $b - $py ) / sqrt( $a ** 2 + 1 );
85
86     return $dist;
87 }
88
89
90 sub dist_point2point
91 {
92     # Martin A. Hansen, April 2004.
93
94     # calculates the distance between two set of coordinates
95
96     my ( $x1, 
97          $y1,
98          $x2,
99          $y2,
100        ) = @_;
101
102     # returns float
103
104     my $dist;
105
106     $dist = sqrt( ( $x2 - $x1 ) ** 2 + ( $y2 - $y1 ) ** 2 );
107
108     return $dist;
109 }
110
111
112 sub dist_interval
113 {
114     # Martin A. Hansen, February 2008.
115
116     # Returns the distance between two given intervals.
117     # 0 indicates that the intervals are overlapping.
118
119     my ( $beg1,
120          $end1,
121          $beg2,
122          $end2,
123        ) = @_;
124
125     # Returns number
126
127     if ( $beg2 > $end1 ) {
128         return $beg2 - $end1;
129     } elsif ( $beg1 > $end2 ) {
130         return $beg1 - $end2;
131     } else {
132         return 0;
133     }
134 }
135
136
137 sub mean
138 {
139     # Martin A. Hansen, April 2007
140
141     # Given a list of numbers, calculates and returns the mean.
142
143     my ( $numbers,   #  list of numbers
144        ) = @_;
145
146     # returns decimal number
147
148     my ( $sum, $mean );
149
150     $sum = 0;
151
152     map { $sum += $_ } @{ $numbers };
153
154     $mean = $sum / @{ $numbers };
155
156     return $mean;
157 }
158
159
160 sub median
161 {
162     # Martin A. Hansen, January 2008
163
164     # Given a list of numbers, calculates and returns the median.
165
166     my ( $numbers,   #  list of numbers
167        ) = @_;
168
169     # returns decimal number
170
171     my ( $num, $median );
172
173     @{ $numbers } = sort { $a <=> $b } @{ $numbers }; 
174
175     $num = scalar @{ $numbers };
176
177     if ( $num % 2 == 0 ) {
178         $median = mean( [ $numbers->[ $num / 2 ], $numbers->[ $num / 2 + 1 ] ] );
179     } else {
180         $median = $numbers->[ int( $num / 2 ) ];
181     }
182
183     return $median;
184 }
185
186
187 sub min
188 {
189     # Martin A. Hansen, August 2006.
190
191     # Return the smallest of two given numbers.
192
193     my ( $x,    # first number
194          $y,    # second number
195        ) = @_;
196
197     # Returns number
198
199     if ( $x <= $y ) {
200         return $x;
201     } else {
202         return $y;
203     }
204 }                                                                                                                                                        
205                                                                                                                                                               
206 sub max
207 {
208     # Martin A. Hansen, November 2006.                                                                                                                        
209
210     # Return the largest of two given numbers.
211
212     my ( $x,    # first number
213          $y,    # second number
214        ) = @_;
215
216     # Returns number
217
218     if ( $x > $y ) {
219         return $x;
220     } else {
221         return $y;
222     }
223 }
224
225
226 sub minmax
227 {
228     # Martin A. Hansen, April 2007.
229
230     # given a list of numbers returns a tuple with min and max
231
232     my ( $list,   # list of numbers
233        ) = @_;
234
235     # returns a tuple
236
237     my ( $num, $min, $max );
238
239     $min = $max = $list->[ 0 ];
240
241     foreach $num ( @{ $list } )
242     {
243         $min = $num if $num < $min;
244         $max = $num if $num > $max;
245     }
246
247     return wantarray ? ( $min, $max ) : [ $min, $max ];
248 }
249
250
251 sub list_max
252 {
253     # Martin A. Hansen, August 2007.
254
255     # Returns the maximum number in a given list.
256
257     my ( $list,   # list of numbers
258        ) = @_;
259
260     # Returns float
261
262     my ( $max, $num );
263
264     $max = $list->[ 0 ];
265
266     foreach $num ( @{ $list } ) {
267         $max = $num if $num > $max;
268     }
269
270     return $max;
271 }
272
273
274 sub list_min
275 {
276     # Martin A. Hansen, August 2007.
277
278     # Returns the minimum number in a given list.
279
280     my ( $list,   # list of numbers
281        ) = @_;
282
283     # Returns float
284
285     my ( $min, $num );
286
287     $min = $list->[ 0 ];
288
289     foreach $num ( @{ $list } ) {
290         $min = $num if $num < $min;
291     }
292
293     return $min;
294 }
295
296
297 sub sum
298 {
299     # Martin A. Hansen, April 2007.
300
301     # Sums a list of given numbers and
302     # returns the sum.
303
304     my ( $list,   # list of numbers
305        ) = @_;
306
307     # returns float
308
309     my ( $sum );
310
311     $sum = 0;
312
313     map { $sum += $_ } @{ $list };
314
315     return $sum;
316 }
317
318
319 sub log10
320 {
321     # Martin A. Hansen, August 2008.
322
323     # Calculate the log10 of a given number.
324
325     my ( $num,   # number
326        ) = @_;
327
328     # Returns a float.
329
330     return log( $num ) / log( 10 );
331 }
332
333
334 sub overlap
335 {
336     # Martin A. Hansen, November 2003.
337
338     # Tests if two invervals overlap
339     # returns 1 if overlapping else 0.
340     
341     my ( $beg1,
342          $end1,
343          $beg2,
344          $end2,
345        ) = @_;
346
347     # returns integer
348
349     if ( $beg1 > $end1 ) { ( $beg1, $end1 ) = ( $end1, $beg1 ) };
350     if ( $beg2 > $end2 ) { ( $beg2, $end2 ) = ( $end2, $beg2 ) };
351
352     if ( $end1 < $beg2 or $beg1 > $end2 ) {
353         return 0;
354     } else {
355         return 1;
356     }
357 }
358
359
360 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
361
362
363 __END__