code_perl/Maasha/BWA.pm

   1 package Maasha::BWA;
   2
   3 # Copyright (C) 2006-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24
  25 # Routines for manipulation of bowtie indexes and results.
  26
  27 # http://maq.sourceforge.net/bwa-man.shtml
  28
  29
  30 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  31
  32
  33 use warnings;
  34 use strict;
  35 use Data::Dumper;
  36 use vars qw( @ISA @EXPORT );
  37
  38 @ISA = qw( Exporter );
  39
  40
  41 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  42
  43
  44 sub bwa_index
  45 {
  46     # Martin A. Hansen, September 2009.
  47
  48     # Create a BWA index for fast sequence mapping.
  49
  50     my ( $src_file,   # filename of source file
  51          $dst_dir,    # destination dir to store index
  52          $base_name,  # base name of index
  53          $verbose,    # verbose flag
  54        ) = @_;
  55
  56     Maasha::Filesys::dir_create_if_not_exists( $dst_dir );
  57
  58     if ( $verbose ) {
  59         Maasha::Common::run( "bwa", "index -p $dst_dir/$base_name $src_file" );
  60     } else {
  61         Maasha::Common::run( "bwa", "index -p $dst_dir/$base_name $src_file > /dev/null 2>&1" );
  62     }
  63 }
  64
  65
  66 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  67
  68
  69 1;