code_c/Maasha/src/test/test_ucsc.c

   1 #include "common.h"
   2 #include "filesys.h"
   3 #include "list.h"
   4 #include "ucsc.h"
   5
   6 static void test_bed_entry_new();
   7 static void test_bed_entry_get();
   8 static void test_bed_entries_get();
   9 static void test_bed_entries_destroy();
  10 static void test_bed_entries_sort();
  11 static void test_bed_file_sort_beg();
  12 static void test_bed_file_sort_strand_beg();
  13 static void test_bed_file_sort_chr_beg();
  14 static void test_bed_file_sort_chr_strand_beg();
  15
  16
  17 int main()
  18 {
  19     fprintf( stderr, "Running all tests for ucsc.c\n" );
  20
  21     test_bed_entry_new();
  22     test_bed_entry_get();
  23     test_bed_entries_get();
  24     test_bed_entries_destroy();
  25     test_bed_entries_sort();
  26     test_bed_file_sort_beg();
  27     test_bed_file_sort_strand_beg();
  28     test_bed_file_sort_chr_beg();
  29     test_bed_file_sort_chr_strand_beg();
  30
  31     fprintf( stderr, "Done\n\n" );
  32
  33     return EXIT_SUCCESS;
  34 }
  35
  36
  37 void test_bed_entry_new()
  38 {
  39     fprintf( stderr, "   Testing bed_entry_new ... " );
  40
  41     bed_entry *entry = NULL;
  42
  43     entry = bed_entry_new( 3 );
  44
  45     assert( entry->cols    == 3 );
  46     assert( entry->chr_beg == 0 );
  47     assert( entry->chr_end == 0 );
  48
  49     fprintf( stderr, "OK\n" );
  50 }
  51
  52
  53 void test_bed_entry_get()
  54 {
  55     fprintf( stderr, "   Testing bed_entry_get ... " );
  56
  57     char      *path  = "test/test_files/test12.bed";
  58     FILE      *fp    = NULL;
  59     bed_entry *entry = NULL;
  60
  61     fp = read_open( path );
  62
  63     entry = bed_entry_new( 12 );
  64
  65     while ( ( bed_entry_get( fp, &entry ) ) )
  66     {
  67 //        bed_entry_put( entry, 3 );
  68     }
  69
  70     close_stream( fp );
  71
  72     fprintf( stderr, "OK\n" );
  73 }
  74
  75
  76 void test_bed_entries_get()
  77 {
  78     fprintf( stderr, "   Testing bed_entries_get ... " );
  79
  80     char    *path    = "test/test_files/test12.bed";
  81     list_sl *entries = NULL;
  82
  83     entries = bed_entries_get( path, 3 );
  84
  85 //    bed_entries_put( entries, 3 );
  86
  87     fprintf( stderr, "BAD!!!\n" );
  88 }
  89
  90
  91 void test_bed_entries_destroy()
  92 {
  93     fprintf( stderr, "   Testing bed_entries_destroy ... " );
  94
  95     char    *path    = "test/test_files/test12.bed";
  96     list_sl *entries = NULL;
  97
  98     entries = bed_entries_get( path, 3 );
  99
 100 //    bed_entries_destroy( &entries );
 101
 102 //    assert( entries == NULL );
 103
 104     fprintf( stderr, "BAD!!!\n" );
 105 }
 106
 107
 108 void test_bed_entries_sort()
 109 {
 110     fprintf( stderr, "   Testing bed_entries_sort ... " );
 111
 112     char    *path    = "test/test_files/test12.bed";
 113     list_sl *entries = NULL;
 114
 115     entries = bed_entries_get( path, 0 );
 116
 117     list_sl_sort( &entries, cmp_bed_sort_chr_beg );
 118     list_sl_sort( &entries, cmp_bed_sort_chr_strand_beg );
 119
 120 //    bed_entries_put( entries, 0 );
 121
 122     fprintf( stderr, "OK\n" );
 123 }
 124
 125
 126 void test_bed_file_sort_beg()
 127 {
 128     fprintf( stderr, "   Testing bed_file_sort_beg ... " );
 129
 130 //    char    *path    = "test/test_files/test12.bed";
 131
 132 //    bed_file_sort_beg( path, 3 );
 133
 134     fprintf( stderr, "OK\n" );
 135 }
 136
 137
 138 void test_bed_file_sort_strand_beg()
 139 {
 140     fprintf( stderr, "   Testing bed_file_sort_strand_beg ... " );
 141
 142 //    char    *path    = "test/test_files/test12.bed";
 143
 144 //    bed_file_sort_strand_beg( path, 6 );
 145
 146     fprintf( stderr, "OK\n" );
 147 }
 148
 149
 150 void test_bed_file_sort_chr_beg()
 151 {
 152     fprintf( stderr, "   Testing bed_file_sort_chr_beg ... " );
 153
 154 //    char    *path    = "test/test_files/test12.bed";
 155
 156 //    bed_file_sort_chr_beg( path, 6 );
 157
 158     fprintf( stderr, "OK\n" );
 159 }
 160
 161
 162 void test_bed_file_sort_chr_strand_beg()
 163 {
 164     fprintf( stderr, "   Testing bed_file_sort_chr_strand_beg ... " );
 165
 166 //    char    *path    = "test/test_files/test12.bed";
 167
 168 //    bed_file_sort_chr_strand_beg( path, 6 );
 169
 170     fprintf( stderr, "OK\n" );
 171 }
 172
 173