code_c/Maasha/src/test/test_fasta.c

   1 /* Martin Asser Hansen (mail@maasha.dk) Copyright (C) 2008 - All right reserved */
   2
   3 #include "common.h"
   4 #include "filesys.h"
   5 #include "mem.h"
   6 #include "seq.h"
   7 #include "fasta.h"
   8
   9 #define TEST_FILE1 "test/test_files/test.fna"
  10 #define TEST_FILE2 "/Users/m.hansen/DATA/genomes/hg18/hg18.fna"
  11 #define TEST_COUNT 10
  12 #define TEST_SIZE  10
  13
  14 static void test_fasta_get_entry();
  15 static void test_fasta_put_entry();
  16
  17
  18 int main()
  19 {
  20     fprintf( stderr, "Running all tests for fasta.c\n" );
  21
  22     test_fasta_get_entry();
  23     test_fasta_put_entry();
  24
  25     fprintf( stderr, "Done\n\n" );
  26
  27     return EXIT_SUCCESS;
  28 }
  29
  30
  31 void test_fasta_get_entry()
  32 {
  33     fprintf( stderr, "   Testing fasta_get_entry ... " );
  34
  35     FILE *fp            = NULL;
  36     seq_entry *entry    = NULL;
  37     size_t max_seq_name = MAX_SEQ_NAME;
  38     size_t max_seq      = MAX_SEQ;
  39
  40     fp = read_open( TEST_FILE1 );
  41
  42     entry = seq_new( max_seq_name, max_seq );
  43
  44     while ( ( fasta_get_entry( fp, &entry ) != FALSE ) ) {
  45 //        printf( "seq_name: %s seq_len: %zu\n", entry->seq_name, entry->seq_len );
  46     }
  47
  48     seq_destroy( entry );
  49
  50     close_stream( fp );
  51
  52     fprintf( stderr, "OK\n" );
  53 }
  54
  55
  56 void test_fasta_put_entry()
  57 {
  58     fprintf( stderr, "   Testing fasta_put_entry ... " );
  59
  60     FILE *fp            = NULL;
  61     seq_entry *entry    = NULL;
  62     size_t max_seq_name = MAX_SEQ_NAME;
  63     size_t max_seq      = MAX_SEQ;
  64
  65     fp = read_open( TEST_FILE1 );
  66
  67     entry = seq_new( max_seq_name, max_seq );
  68
  69     while ( ( fasta_get_entry( fp, &entry ) != FALSE ) ) {
  70 //        fasta_put_entry( entry );
  71     }
  72
  73     seq_destroy( entry );
  74
  75     close_stream( fp );
  76
  77     fprintf( stderr, "OK\n" );
  78 }
  79
  80