code_c/Maasha/src/lib/ucsc.c

   1 #include "common.h"
   2 #include "mem.h"
   3 #include "ucsc.h"
   4
   5 void bed_get_entry( FILE *fp, struct bed_entry3 *bed, int cols )
   6 {
   7     /* Martin A. Hansen, June 2008 */
   8
   9     /* Get next 3 column bed entry from stream. */
  10
  11     char bed_buffer[ BED_BUFFER ];
  12     struct bed_entry12 *bed12 = NULL;
  13
  14     MEM_GET( bed12 );
  15
  16     if ( ( fgets( bed_buffer, sizeof( bed_buffer ), fp ) != NULL ) )
  17     {
  18         printf( "buffer: %s\n", bed_buffer );
  19
  20         bed_split( bed_buffer, bed12, 3 );
  21
  22         return;
  23     }
  24
  25 //    return NULL;
  26 }
  27
  28
  29 void bed_split( char *string, struct bed_entry12 *bed, int cols )
  30 {
  31     int   i;
  32     int   field_num;
  33     int   offset;
  34     char *new_line;
  35     int   new_line_pos;
  36     char *pt;
  37     int   pos;
  38     int   field_seps[ cols ];
  39     int   field_len;
  40     char *field;
  41
  42     if ( ( new_line = memchr( string, '\n', 1024 ) ) != NULL ) {
  43         new_line_pos = new_line - string;
  44     } else {
  45         die( "bed_split: no newline found." );
  46     }
  47
  48     field_num = 0;
  49     offset    = 0;
  50
  51     for ( i = 0; i < cols; i++ )
  52     {
  53         if ( ( pt = memchr( &string[ offset ], '\t', new_line_pos - offset ) ) != NULL )
  54         {
  55             pos = pt - string;
  56
  57             pos = MIN( pos, new_line_pos );
  58
  59             field_seps[ field_num ] = pos;
  60
  61             field_num++;
  62         }
  63         else
  64         {
  65             die( "bed_split: no tab found." );
  66         }
  67
  68         offset += pos + 1;
  69     }
  70
  71     offset = 0;
  72
  73     for ( i = 0; i < cols; i++ )
  74     {
  75         field_len = field_seps[ i ] - offset;
  76
  77         field = mem_get( field_len );
  78
  79         field[ field_len ] = '\0';
  80
  81         memcpy( field, &string[ offset ], field_len );
  82
  83         if ( i == 0 ) {
  84             bed->chr = mem_clone( ( char * ) field, field_len );
  85         } else if ( i == 1 ) {
  86             bed->chr_beg = strtod( field, &pt );
  87         } else if ( i == 2 ) {
  88             bed->chr_end = strtod( field, &pt );
  89         } else if ( i == 3 ) {
  90             bed->q_id = mem_clone( ( char * ) field, field_len );
  91         } else if ( i == 4 ) {
  92             bed->score = strtof( field, &pt );
  93         } else if ( i == 5 ) {
  94             bed->strand = field[ 0 ];
  95         } else if ( i == 6 ) {
  96             bed->thick_beg = strtod( field, &pt );
  97         } else if ( i == 7 ) {
  98             bed->thick_end = strtod( field, &pt );
  99         } else if ( i == 8 ) {
 100             bed->itemrgb = mem_clone( ( char * ) field, field_len );
 101         } else if ( i == 9 ) {
 102             bed->blockcount = strtod( field, &pt );
 103         } else if ( i == 10 ) {
 104             bed->blocksizes = mem_clone( ( char * ) field, field_len );
 105         } else if ( i == 11 ) {
 106             bed->q_begs = mem_clone( ( char * ) field, field_len );
 107         }
 108
 109         if ( pt == NULL ) {
 110             die( "bed parse failed." );
 111         }
 112
 113         offset = field_seps[ i ] + 1;
 114     }
 115
 116     printf( "chr    ->%s\n", bed->chr );
 117     printf( "chr_beg->%u\n", bed->chr_beg );
 118     printf( "chr_end->%u\n", bed->chr_end );
 119 }
 120
 121