code_c/Maasha/src/inc/ucsc.h

   1 /* Martin Asser Hansen (mail@maasha.dk) Copyright (C) 2008 - All right reserved */
   2
   3 #define BED_BUFFER 1024
   4
   5 struct bed_entry3
   6 {
   7     char *chr;
   8     uint  chr_beg;
   9     uint  chr_end;
  10 };
  11
  12 struct bed_entry12
  13 {
  14     char  *chr;
  15     uint   chr_beg;
  16     uint   chr_end;
  17     char  *q_id;
  18     float  score;
  19     char   strand;
  20     uint   thick_beg;
  21     uint   thick_end;
  22     char  *itemrgb;
  23     uint   blockcount;
  24     char  *blocksizes;
  25     char  *q_begs;
  26 };
  27
  28 void bed_get_entry( FILE *fp, struct bed_entry3 *bed, int cols );
  29 void     bed_split( char *string, struct bed_entry12 *bed, int cols );
  30