code_c/Maasha/src/inc/ucsc.h

   1 /* Martin Asser Hansen (mail@maasha.dk) Copyright (C) 2008 - All right reserved */
   2
   3 #define BED_BUFFER         2048
   4 #define BED_CHR_MAX          16
   5 #define BED_QID_MAX         256
   6 #define BED_ITEMRGB_MAX      16
   7 #define BED_BLOCKSIZES_MAX  256
   8 #define BED_QBEGS_MAX       256
   9
  10 struct _bed_entry
  11 {
  12     int    cols;
  13     char  *chr;
  14     uint   chr_beg;
  15     uint   chr_end;
  16     char  *q_id;
  17     int    score;
  18     char   strand;
  19     uint   thick_beg;
  20     uint   thick_end;
  21     char  *itemrgb;
  22     uint   blockcount;
  23     char  *blocksizes;
  24     char  *q_begs;
  25 };
  26
  27 typedef struct _bed_entry bed_entry;
  28
  29 bed_entry *bed_entry_new( const int cols );
  30 bed_entry *bed_entry_get( FILE *fp, const int cols );
  31 list_sl   *bed_entries_get( char *path, const int cols );
  32 void       bed_entry_put( bed_entry *entry, int cols );
  33 void       bed_entries_put( list_sl *entries, int cols );
  34 int        cmp_bed_sort_beg( const void *a, const void *b );
  35 int        cmp_bed_sort_chr_beg( const void *a, const void *b );
  36 int        cmp_bed_sort_chr_strand_beg( const void *a, const void *b );