code_c/Maasha/src/inc/fasta.h

   1 #define FASTA_BUFFER 1024
   2
   3 /* Count all entries in a FASTA file given a file pointer. */
   4 size_t fasta_count( FILE *fp );
   5
   6 /* Get next sequence entry from a FASTA file given a file pointer. */
   7 bool fasta_get_entry( FILE *fp, seq_entry **entry_ppt );
   8
   9 /* Output a sequence entry in FASTA format. */
  10 void fasta_put_entry( seq_entry *entry );
  11
  12 /* Get all sequence entries from a FASTA file in a list. */
  13 void fasta_get_entries( FILE *fp, struct list **entries );
  14
  15 /* Output all sequence entries from a list in FASTA format. */
  16 void fasta_put_entries( struct list *entries );