code_c/Maasha/src/inc/fasta.h

   1 #define MAX_SEQ_NAME 1024
   2 #define FASTA_BUFFER 256 * 1024
   3
   4 #define isseq( x ) ( x > 32 && x < 127 ) ? TRUE : FALSE
   5
   6 /* Structure of a sequence entry. */
   7 struct _seq_entry
   8 {
   9     char   *seq_name;
  10     char   *seq;
  11     size_t  seq_len;
  12 };
  13
  14 typedef struct _seq_entry seq_entry;
  15
  16 /* Count all entries in a FASTA file given a file pointer. */
  17 size_t fasta_count( FILE *fp );
  18
  19 /* Get the next FASTA sequence name from a stream. */
  20 bool fasta_get_seq_name( FILE *fp, char **seq_name_ppt );
  21
  22 /* Get next sequence entry from a FASTA file given a file pointer. */
  23 bool fasta_get_entry( file_buffer **buffer_ppt, seq_entry **entry );
  24
  25 /* Output a sequence entry in FASTA format. */
  26 void fasta_put_entry( seq_entry *entry );
  27
  28 /* Get all sequence entries from a FASTA file in a list. */
  29 void fasta_get_entries( FILE *fp, struct list **entries );
  30
  31 /* Output all sequence entries from a list in FASTA format. */
  32 void fasta_put_entries( struct list *entries );
  33
  34 /* Deallocates memory from a seq_entry. */
  35 void fasta_free_entry( seq_entry *entry );