code_c/Maasha/src/bipartite_decode.c

   1 /* Martin Asser Hansen (mail@maasha.dk) Copyright (C) 2008 - All right reserved */
   2
   3 #include "common.h"
   4 #include "filesys.h"
   5 #include "seq.h"
   6
   7 #define BITS_IN_BYTE      8                                /* number of bits in one byte. */
   8 #define BLOCK_SPACE_MAX   64                               /* maximum space between two blocks. */
   9 #define BLOCK_MASK        ( ( BLOCK_SPACE_MAX << 1 ) - 1 ) /* mask for printing block space. */
  10
  11 /* Function declarations. */
  12 void      run_decode( int argc, char *argv[] );
  13 void      print_usage();
  14 void      motif_print( uint motif, uint count );
  15
  16
  17 /* >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> MAIN <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< */
  18
  19
  20 int main( int argc, char *argv[] )
  21 {
  22     if ( argc == 1 ) {
  23         print_usage();
  24     }
  25
  26     run_decode( argc, argv );
  27
  28     return EXIT_SUCCESS;
  29 }
  30
  31
  32 /* >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> FUNCTIONS <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< */
  33
  34
  35 void print_usage()
  36 {
  37     /* Martin A. Hansen, September 2008 */
  38
  39     /* Print usage and exit. */
  40
  41     fprintf( stderr,
  42         "Usage: bipartite_decode <bipartite file(s)> > result.tab\n"
  43     );
  44
  45     exit( EXIT_SUCCESS );
  46 }
  47
  48
  49 void run_decode( int argc, char *argv[] )
  50 {
  51     /* Martin A. Hansen, September 2008 */
  52
  53     /* For each file in argv decode the file of */
  54     /* bipartite motifs and output the motifs */
  55     /* and their count. */
  56
  57     FILE *fp    = NULL;
  58     int   i     = 0;
  59     uint  motif = 0;
  60     uint  count = 0;
  61
  62     for ( i = 1; i < argc; i++ )
  63     {
  64         fp = read_open( argv[ i ] );
  65
  66         while ( fscanf( fp, "%u\t%u\n", &motif, &count ) )
  67         {
  68             assert( ferror( fp ) == 0 );
  69
  70             motif_print( motif, count );
  71
  72             if ( feof( fp ) ) {
  73                 break;
  74             }
  75         }
  76
  77         close_stream( fp );
  78     }
  79 }
  80
  81
  82 void motif_print( uint motif, uint count )
  83 {
  84     /* Martin A. Hansen, September 2008 */
  85
  86     /* Converts a binary encoded bipartite motif */
  87     /* into DNA and output the motif, distance and */
  88     /* count seperated by tabs: */
  89     /* BLOCK1 \t BLOCK2 \t DIST \t COUNT */
  90
  91     uchar  bin1      = 0;
  92     uchar  bin2      = 0;
  93     ushort dist      = 0;
  94     uint   motif_cpy = motif;
  95
  96     dist = ( ushort ) motif & BLOCK_MASK;
  97
  98     motif >>= sizeof( uchar ) * BITS_IN_BYTE;
  99
 100     bin2 = ( uchar ) motif;
 101
 102     motif >>= sizeof( uchar ) * BITS_IN_BYTE;
 103
 104     bin1 = ( uchar ) motif;
 105
 106     printf( "%u\t%s\t%s\t%d\t%d\n", motif_cpy, bin2dna[ bin1 ], bin2dna[ bin2 ], dist, count );
 107 }
 108
 109
 110 /* >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< */
 111
 112