code_c/Maasha/src/bed_sort.c

   1 /* Martin Asser Hansen (mail@maasha.dk) Copyright (C) 2008 - All right reserved */
   2
   3 #include "common.h"
   4 #include "list.h"
   5 #include "ucsc.h"
   6
   7 static void usage()
   8 {
   9     fprintf( stderr,
  10         "\n"
  11         "bed_sort - sorts a BED file.\n"
  12         "\n"
  13         "Usage: bed_sort [options] <BED file>\n"
  14         "\n"
  15         "Options:\n"
  16         "   [-s <int> | --sort <int>]   # 1: chr AND chr_beg.\n"
  17         "                               # 2: chr AND strand AND chr_beg.\n"
  18         "                               # 3: chr_beg.\n"
  19         "                               # 4: strand AND chr_beg.\n"
  20         "   [-c <int> | --cols <int>]   # Number of columns to read (default all).\n"
  21         "   [-d <dir> | --dir <dir> ]   # Directory to use for file bound sorting.\n"
  22         "\n"
  23         "Examples:\n"
  24         "   bed_sort test.bed > test.bed.sort\n"
  25         "\n"
  26         );
  27
  28     exit( EXIT_FAILURE );
  29 }
  30
  31
  32 static struct option longopts[] = {
  33     { "sort",  required_argument, NULL, 's' },
  34     { "cols",  required_argument, NULL, 'c' },
  35     { "dir",   required_argument, NULL, 'd' },
  36     { NULL,    0,                 NULL,  0  }
  37 };
  38
  39
  40 int main( int argc, char *argv[] )
  41 {
  42     int      opt     = 0;
  43     int      sort    = 1;
  44     int      cols    = 0;
  45     char    *dir     = NULL;
  46     char    *file    = NULL;
  47     list_sl *entries = NULL;
  48
  49     while ( ( opt = getopt_long( argc, argv, "n:l", longopts, NULL ) ) != -1 )
  50     {
  51         switch ( opt ) {
  52             case 's': sort = strtol( optarg, NULL, 0 ); break;
  53             case 'c': cols = strtol( optarg, NULL, 0 ); break;
  54             case 'd': dir  = optarg;                    break;
  55             default:                                    break;
  56         }
  57     }
  58
  59     printf( "sort: %d  cols: %d   dir: %s\n", sort, cols, dir );
  60
  61     argc -= optind;
  62     argv += optind;
  63
  64     if ( sort < 1 || sort > 4 )
  65     {
  66         fprintf( stderr, "ERROR: argument to --sort must be 1, 2, 3 or 4 - not: %d\n", sort );
  67         abort();
  68     }
  69
  70     if ( cols != 0 && cols != 3 && cols != 4 && cols != 5 && cols != 6 && cols != 12 )
  71     {
  72         fprintf( stderr, "ERROR: argument to --cols must be 3, 4, 5, 6 or 12 - not: %d\n", cols );
  73         abort();
  74     }
  75
  76     if ( ( sort == 2 || sort == 4 ) && ( cols > 0 && cols < 6 ) )
  77     {
  78         fprintf( stderr, "ERROR: cannot sort on strand with cols (%d) less than 6\n", cols );
  79         abort();
  80     }
  81
  82     if ( dir != NULL )
  83     {
  84         fprintf( stderr, "ERROR: directory: %s does not exists\n", dir );
  85         abort();
  86     }
  87
  88     if ( argc < 1 ) {
  89         usage();
  90     }
  91
  92     file = argv[ argc - 1 ];
  93
  94     entries = bed_entries_get( file, cols );
  95
  96     switch ( sort )
  97     {
  98         case 1: list_sl_sort( &entries, cmp_bed_sort_chr_beg );        break;
  99         case 2: list_sl_sort( &entries, cmp_bed_sort_chr_strand_beg ); break;
 100         case 3: list_sl_sort( &entries, cmp_bed_sort_beg );            break;
 101         case 4: list_sl_sort( &entries, cmp_bed_sort_strand_beg );     break;
 102         default: break;
 103     }
 104
 105     bed_entries_put( entries, cols );
 106
 107     return EXIT_SUCCESS;
 108 }