code_c/Maasha/src/bed2fixedstep.c

   1 #include "common.h"
   2 #include "barray.h"
   3
   4 #define BUFFER_SIZE 1024
   5 #define BED_CHR_MAX 16
   6 #define BED_QID_MAX 256
   7 #define BARRAY_SIZE ( 1 << 16 )
   8
   9
  10 static void usage()
  11 {
  12     fprintf( stderr,
  13         "\n"
  14         "bed2fixedstep - collapse overlapping BED entries with only one\n"
  15         "chromosome using a score based on the last number following a _\n"
  16         "in the 'name' column. if no such number is found 1 is used.\n"
  17         "\n"
  18         "Usage: bed2fixedstep < <BED file(s)> > <fixedstep file>\n\n"
  19     );
  20
  21     exit( EXIT_FAILURE );
  22 }
  23
  24
  25 long get_score( char *str )
  26 {
  27     /* Martin A. Hansen, December 2008. */
  28
  29     /* Extract the last decimal number after _
  30      * in a string and return that. If no number
  31      * was found return 1. */
  32
  33     char *c;
  34     long  score = 1;
  35
  36     if ( ( c = strrchr( str, '_' ) ) != NULL ) {
  37         score = strtol( &c[ 1 ], NULL , 10 );
  38     }
  39
  40     return score;
  41 }
  42
  43
  44 int main( int argc, char *argv[] )
  45 {
  46     char       buffer[ BUFFER_SIZE ];
  47     char       chr[ BED_CHR_MAX ];
  48     char       q_id[ BED_QID_MAX ];
  49     size_t     beg   = 0;
  50     size_t     end   = 0;
  51     uint       score = 0;
  52     size_t     pos   = 0;
  53     size_t     i     = 0;
  54     barray    *ba    = barray_new( BARRAY_SIZE );
  55
  56     if ( isatty( fileno( stdin ) ) ) {
  57         usage();
  58     }
  59
  60     while ( fgets( buffer, sizeof( buffer ), stdin ) )
  61     {
  62 //        printf( "BUFFER: %s\n", buffer );
  63
  64         if ( sscanf( buffer, "%s\t%zu\t%zu\t%s", chr, &beg, &end, q_id ) == 4 )
  65         {
  66 //            printf( "chr: %s   beg: %zu   end: %zu   q_id: %s\n", chr, beg, end, q_id );
  67
  68             score = ( uint ) get_score( q_id );
  69
  70             barray_interval_inc( ba, beg, end - 1, score );
  71         }
  72     }
  73
  74 //    barray_print( ba );
  75
  76     pos = 0;
  77     beg = 0;
  78     end = 0;
  79
  80     while ( barray_interval_scan( ba, &pos, &beg, &end ) )
  81     {
  82 //        printf( "chr: %s   pos: %zu   beg: %zu   end: %zu\n", chr, pos, beg, end );
  83
  84         printf( "fixedStep chrom=%s start=%zu step=1\n", chr, beg + 1 );
  85
  86         for ( i = beg; i <= end; i++ ) {
  87             printf( "%u\n", ba->array[ i ] );
  88         }
  89     }
  90
  91     return EXIT_SUCCESS;
  92 }
  93