code_c/Maasha/src/Makefile

   1 CC      = gcc
   2 # Cflags = -Wall
   3 # Cflags = -Wall -g -O0 # for valgrind
   4 Cflags = -Wall -g -pg # for gprof
   5
   6 INC_DIR = inc/
   7 LIB_DIR = lib/
   8
   9 INC = -I $(INC_DIR)
  10 LIB = -lm $(LIB_DIR)*.o
  11
  12 all: libs test test_revcomp fasta_count test_fasta test_oligo2bin repeat-O-matic test_list test_hash test_split test_binary_search test_biotools test_file_buffer test_bed
  13
  14 libs:
  15         cd $(LIB_DIR) && ${MAKE} all
  16
  17 test: test.c
  18         $(CC) $(Cflags) $(INC) $(LIB) test.c -o test
  19
  20 test_revcomp: test_revcomp.c
  21         $(CC) $(Cflags) $(INC) $(LIB) test_revcomp.c -o test_revcomp
  22
  23 fasta_count: fasta_count.c
  24         $(CC) $(Cflags) $(INC) $(LIB) fasta_count.c -o fasta_count
  25
  26 test_fasta: test_fasta.c
  27         $(CC) $(Cflags) $(INC) $(LIB) test_fasta.c -o test_fasta
  28
  29 test_oligo2bin: test_oligo2bin.c
  30         $(CC) $(Cflags) $(INC) $(LIB) test_oligo2bin.c -o test_oligo2bin
  31
  32 repeat-O-matic: repeat-O-matic.c
  33         $(CC) $(Cflags) $(INC) $(LIB) repeat-O-matic.c -o repeat-O-matic
  34
  35 test_list: test_list.c
  36         $(CC) $(Cflags) $(INC) $(LIB) test_list.c -o test_list
  37
  38 test_hash: test_hash.c
  39         $(CC) $(Cflags) $(INC) $(LIB) test_hash.c -o test_hash
  40
  41 test_split: test_split.c
  42         $(CC) $(Cflags) $(INC) $(LIB) test_split.c -o test_split
  43
  44 test_binary_search: test_binary_search.c
  45         $(CC) $(Cflags) $(INC) $(LIB) test_binary_search.c -o test_binary_search
  46
  47 test_biotools: test_biotools.c
  48         $(CC) $(Cflags) $(INC) $(LIB) test_biotools.c -o test_biotools
  49
  50 test_file_buffer: test_file_buffer.c $(LIB_DIR)filesys.c
  51         $(CC) $(Cflags) $(INC) $(LIB) test_file_buffer.c -o test_file_buffer
  52
  53 test_bed: test_bed.c $(LIB_DIR)ucsc.c
  54         $(CC) $(Cflags) $(INC) $(LIB) test_bed.c -o test_bed
  55
  56 clean:
  57         cd $(LIB_DIR) && ${MAKE} clean
  58         rm -f test test_revcomp fasta_count test_fasta test_oligo2bin repeat-O-matic test_list test_hash test_split test_binary_search test_biotools test_file_buffer test_bed