code_c/Maasha/src/Makefile

   1 # Martin Asser Hansen (mail@maasha.dk) Copyright (C) 2008 - All right reserved
   2
   3 CC      = gcc
   4 # CFLAGS = -Wall -Werror
   5 CFLAGS = -Wall -Werror -g -pg # for gprof
   6
   7 INC_DIR  = inc/
   8 LIB_DIR  = lib/
   9 TEST_DIR = test/
  10
  11 INC = -I $(INC_DIR)
  12 LIB = -lm $(LIB_DIR)*.o
  13
  14 # all: libs utest bed2fixedstep bed2tag_contigs bed_sort bipartite_scan bipartite_decode fasta_count repeat-O-matic
  15 all: libs align_two_seq bed2fixedstep bed2tag_contigs bed_sort bipartite_scan bipartite_decode fasta_count repeat-O-matic
  16
  17 libs:
  18         cd $(LIB_DIR) && ${MAKE} all
  19
  20 utest:
  21         cd $(TEST_DIR) && ${MAKE} all
  22
  23 align_two_seq: align_two_seq.c
  24         $(CC) $(CFLAGS) $(INC) $(LIB) align_two_seq.c -o align_two_seq
  25
  26 bed2fixedstep: bed2fixedstep.c
  27         $(CC) $(CFLAGS) $(INC) $(LIB) bed2fixedstep.c -o bed2fixedstep
  28
  29 bed2tag_contigs: bed2tag_contigs.c
  30         $(CC) $(CFLAGS) $(INC) $(LIB) bed2tag_contigs.c -o bed2tag_contigs
  31
  32 bed_sort: bed_sort.c
  33         $(CC) $(CFLAGS) $(INC) $(LIB) bed_sort.c -o bed_sort
  34
  35 bipartite_scan: bipartite_scan.c
  36         $(CC) $(CFLAGS) $(INC) $(LIB) bipartite_scan.c -o bipartite_scan
  37
  38 bipartite_decode: bipartite_decode.c
  39         $(CC) $(CFLAGS) $(INC) $(LIB) bipartite_decode.c -o bipartite_decode
  40
  41 fasta_count: fasta_count.c
  42         $(CC) $(CFLAGS) $(INC) $(LIB) fasta_count.c -o fasta_count
  43
  44 repeat-O-matic: repeat-O-matic.c
  45         $(CC) $(CFLAGS) $(INC) $(LIB) repeat-O-matic.c -o repeat-O-matic
  46
  47 clean:
  48         cd $(LIB_DIR) && ${MAKE} clean
  49         cd $(TEST_DIR) && ${MAKE} clean
  50         rm bed2fixedstep
  51         rm bed2tag_contigs
  52         rm bed_sort
  53         rm bipartite_scan
  54         rm bipartite_decode
  55         rm fasta_count
  56         rm repeat-O-matic