bp_usage/read_psl

   1 Author:         Martin Asser Hansen - Copyright (C) - All rights reserved
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   3 Contact:        mail@maasha.dk
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   5 Date:           August 2007
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   7 License:        GNU General Public License version 2 (http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html)
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   9 Description:    Read PSL data (BLAT's default output).
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  11 Usage:          $script [options] -i <PSL file(s)>
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  13 Options:    [-i <file(s)> | --data_in=<file(s)>]  -  Read PSL data from file.
  14 Options:    [-n <int>     | --num=<int>]          -  Limit number of records to read.
  15 Options:    [-I <file>    | --stream_in=<file>]   -  Read input stream from file  -  Default=STDIN
  16 Options:    [-O <file>    | --stream_out=<file>]  -  Write output stream to file  -  Default=STDOUT
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  18 Examples:   $script -i test1.psl,test2.psl
  19 Examples:   $script -i '*.psl'
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  21 Keys out: MATCHES      -  Number of non-repeat matches.
  22 Keys out: MISMATCHES   -  Number of mismatches.
  23 Keys out: REPMATCHES   -  Number of repeat matches.
  24 Keys out: NCOUNT       -  Number of Ns.
  25 Keys out: QNUMINSERT   -  Number of inserts in query.
  26 Keys out: QBASEINSERT  -  Number of bases inserted in query.
  27 Keys out: SNUMINSERT   -  Number of inserts in subject.
  28 Keys out: SBASEINSERT  -  Number of bases inserted in subject.
  29 Keys out: STRAND       -  Strand.
  30 Keys out: Q_ID         -  Query ID.
  31 Keys out: Q_LEN        -  Query length.
  32 Keys out: Q_BEG        -  Query begin.
  33 Keys out: Q_END        -  Query end.
  34 Keys out: S_ID         -  Subject ID.
  35 Keys out: S_LEN        -  Subject length.
  36 Keys out: S_BEG        -  Subject begin.
  37 Keys out: S_END        -  Subject end.
  38 Keys out: BLOCKCOUNT   -  Block count.
  39 Keys out: BLOCKSIZES   -  Block sizes.
  40 Keys out: Q_BEGS       -  Query sequence blocks begins.
  41 Keys out: S_BEGS       -  Subject sequence blocks begins.
  42 Keys out: SCORE        -  Score calculated as in web BLAT results.
  43 Keys out: REC_TYPE     -  Record type.