bp_usage/read_gff

   1 Author:         Martin Asser Hansen - Copyright (C) - All rights reserved
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   3 Contact:        mail@maasha.dk
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   5 Date:           February 2008
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   7 License:        GNU General Public License version 2 (http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html)
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   9 Description:    Read Generic Feature Format (GFF v.3) from one or more files.
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  11 Usage:          $script [options] -i <GFF file(s)>
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  13 Options:   [-i <file(s)> | --data_in=<file(s)>]  -  Comma separated list of files or glob expression to read.
  14 Options:   [-n <int>     | --num=<int>]          -  Limit number of records to read.
  15 Options:   [-I <file>    | --stream_in=<file>]   -  Read input stream from file  -  Default=STDIN
  16 Options:   [-O <file>    | --stream_out=<file>]  -  Write output stream to file  -  Default=STDOUT
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  18 Examples:   $script -i test.gff  -  Read GFF entries from file.
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  20 Keys out:
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  22 Keys out: Q_ID       -  Feature ID.
  23 Keys out: SOURCE     -  Feature source.
  24 Keys out: TYPE       -  Feature type.
  25 Keys out: Q_BEG      -  Begin position
  26 Keys out: Q_END      -  End position
  27 Keys out: SCORE      -  Score.
  28 Keys out: STRAND     -  Strand.
  29 Keys out: PHASE      -  Phase.
  30 Keys out: ATT        -  Attributes.
  31 Keys out: ATT_<key>  -  Breakdown of Attributes into key/value pairs