bp_usage/patscan_seq

   1 Author:         Martin Asser Hansen - Copyright (C) - All rights reserved
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   3 Contact:        mail@maasha.dk
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   5 Date:           August 2007
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   7 License:        GNU General Public License version 2 (http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html)
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   9 Description:    Scan sequences in stream or genomes for patterns using scan_for_matches.
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  11 Usage:          ... | $script [options]
  12 Usage:          $script [options] -g <genome>
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  14 Options:   [-p <string> | --patterns=<string>]   -  Comma separated list of patterns to scan for.
  15 Options:   [-P <file>   | --patterns_in=<file>]  -  File with one pattern per line.
  16 Options:   [-c          | --comp]                -  Scan complementary strand as well.
  17 Options:   [-h <int>    | --max_hits=<int>]      -  Stop scanning after max hits.
  18 Options:   [-m <int>    | --max_misses=<int>]    -  Stop scanning after max misses.
  19 Options:   [-g <genome> | --genome=<genome>      -  Scan genome for pattern(s).]
  20 Options:   [-I <file>   | --stream_in=<file>]    -  Read input from stream file  -  Default=STDIN
  21 Options:   [-O <file>   | --stream_out=<file>]   -  Write output to stream file  -  Default=STDOUT
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  23 Examples:   ... | $script -p AATTAA,ATTTAA  -  Scan sequences in stream for given patterns.
  24 Examples:   $script -g hg18 -P file.pat     -  Scan hg18 for patterns in 'file.pat'.