bp_usage/get_genome_align

   1 Author:         Martin Asser Hansen - Copyright (C) - All rights reserved
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   3 Contact:        mail@maasha.dk
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   5 Date:           April 2008
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   7 License:        GNU General Public License version 2 (http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html)
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   9 Description:    Extract alignment from multiple genome alignment either explicitly or using BED/PSL/BLAST entries in stream.
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  11 Usage:          $script [options] -g <genome>
  12 Usage:          ... | $script [options] -g <genome>
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  14 Options:   [-g <genome> | --genome=<genome>]    -  Genome to get alignment from.
  15 Options:   [-c <string> | --chr=<string>]       -  Chromosome with requested alignment.
  16 Options:   [-b <int>    | --beg=<int>]          -  Begin position of alignment (first residue=1).
  17 Options:   [-e <int>    | --end=<int>]          -  End position of alignment.
  18 Options:   [-l <int>    | --len=<int>]          -  Length of alignment.
  19 Options:   [-s <int>    | --strand=<int>]       -  Strand                       -  Default=+
  20 Options:   [-I <file>   | --stream_in=<file>]   -  Read input from stream file  -  Default=STDIN
  21 Options:   [-O <file>   | --stream_out=<file>]  -  Write output to stream file  -  Default=STDOUT
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  23 Examples:  $script -g hg18 -c chr1 -b 1 -e 10  -  Get the first 10 nucleotides multiz alignment of human genome chr1.
  24 Examples:  $script -g hg18 -c chr1 -b 1 -l 10  -  Get the first 10 nucleotides multiz alignment of human genome chr1.
  25 Examples:  ... | $script -g mm8 -s '-'         -  Get the reverse complement alignment of mouse BED/PSL/BLAST entries.
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  27 Keys in:  REC_TYPE  -  Optional record type (BED, PSL, or BLAST).
  28 Keys in:  CHR       -  Chromosome (for use with BED record type).
  29 Keys in:  CHR_BEG   -  Chromosome begin.
  30 Keys in:  CHR_END   -  Chromosome end.
  31 Keys in:  S_ID      -  Chromosome       (for use with PSL and BLAST record type).
  32 Keys in:  S_BEG     -  Chromosome begin (for use with PSL and BLAST record type).
  33 Keys in:  S_END     -  Chromosome end   (for use with PSL and BLAST record type).
  34 Keys in:  STRAND    -  Sequence strand.
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  36 Keys out: ALIGN      -  Alignment number that this entry belongs to.
  37 Keys out: CHR        -  Chromosome.
  38 Keys out: CHR_BEG    -  Chromosome begin.
  39 Keys out: CHR_END    -  Chromosome end.
  40 Keys out: STRAND     -  Strand.
  41 Keys out: SEQ        -  Sequence.
  42 Keys out: ALIGN_LEN  -  Sequence length.