bp_test/test/test_read_tab

   1 #!/bin/bash
   2
   3 source "$BP_DIR/bp_test/lib/test.sh"
   4
   5 run "$bp -i $in.1 -O $tmp.1"
   6 assert_no_diff $tmp.1 $out.1
   7 rm $tmp.1
   8
   9 run "$bp -i $in.1 -s 1 -O $tmp.2"
  10 assert_no_diff $tmp.2 $out.2
  11 rm $tmp.2
  12
  13 run "$bp -i $in.1 -s 1 -k ORGANISM,SEQ,COUNT -O $tmp.3"
  14 assert_no_diff $tmp.3 $out.3
  15 rm $tmp.3
  16
  17 run "$bp -i $in.1 -s 1 -c 2,1 -O $tmp.4"
  18 assert_no_diff $tmp.4 $out.4
  19 rm $tmp.4
  20
  21 run "$bp -i $in.1 -s 1 -c 2,1 -k COUNT,SEQ -O $tmp.5"
  22 assert_no_diff $tmp.5 $out.5
  23 rm $tmp.5
  24
  25 run "$bp -i $in.2 -O $tmp.6"
  26 assert_no_diff $tmp.6 $out.6
  27 rm $tmp.6
  28
  29 run "$bp -i $in.2 -n 1 -O $tmp.7"
  30 assert_no_diff $tmp.7 $out.7
  31 rm $tmp.7
  32
  33 run "$bp -i $in.3 -d ';' -O $tmp.8"
  34 assert_no_diff $tmp.8 $out.8
  35 rm $tmp.8