bp_test/test/test_find_barcodes

   1 #!/bin/bash
   2
   3 source "$BP_DIR/bp_test/lib/test.sh"
   4
   5 run "$bp -I $in.1 -r -O $tmp"
   6 assert_no_diff $tmp $out.1
   7 clean
   8
   9 run "$bp -I $in.1 -rg -O $tmp"
  10 assert_no_diff $tmp $out.2
  11 clean
  12
  13 run "$bp -I $in.1 -rgb $in.2 -O $tmp"
  14 assert_no_diff $tmp $out.3
  15 clean
  16
  17 run "$bp -I $in.1 -p 4 -r -O $tmp"
  18 assert_no_diff $tmp $out.4
  19 clean
  20
  21 run "$bp -I $in.1 -p 4 -rg -O $tmp"
  22 assert_no_diff $tmp $out.5
  23 clean
  24
  25 run "$bp -I $in.1 -p 4 -rgb $in.2 -O $tmp"
  26 assert_no_diff $tmp $out.6
  27 clean
  28
  29 run "$bp -I $in.1 -p 4 -m 1 -r -O $tmp"
  30 assert_no_diff $tmp $out.7
  31 clean
  32
  33 run "$bp -I $in.1 -p 4 -m 1 -rg -O $tmp"
  34 assert_no_diff $tmp $out.8
  35 clean
  36
  37 run "$bp -I $in.1 -p 4 -m 1 -rgb $in.2 -O $tmp"
  38 assert_no_diff $tmp $out.9
  39 clean
  40
  41 run "$bp -I $in.1 -p 4 -m 2 -r -O $tmp"
  42 assert_no_diff $tmp $out.10
  43 clean
  44
  45 run "$bp -I $in.1 -p 4 -m 2 -rg -O $tmp"
  46 assert_no_diff $tmp $out.11
  47 clean
  48
  49 run "$bp -I $in.1 -p 4 -m 2 -rgb $in.2 -O $tmp"
  50 assert_no_diff $tmp $out.12
  51 clean
  52
  53 run "$bp -I $in.1 -p 4 -m 2 -Rrg -O $tmp"
  54 assert_no_diff $tmp $out.13
  55 clean