bp_test/test/test_blast_seq

   1 #!/bin/bash
   2
   3 source "$BP_DIR/bp_test/lib/test.sh"
   4
   5 run_quiet "create_blast_index -I $in.1 -d $tmp_dir -i 'nucleotide' -x"
   6 run_quiet "create_blast_index -I $in.3 -d $tmp_dir -i 'protein' -x"
   7
   8 run "$bp -I $in.2 -d $tmp_dir/nucleotide -O $tmp"
   9 assert_no_diff $tmp $out.1
  10 clean
  11
  12 run "$bp -I $in.2 -d $tmp_dir/protein -O $tmp"
  13 assert_no_diff $tmp $out.2
  14 clean
  15
  16 run "$bp -I $in.4 -d $tmp_dir/nucleotide -O $tmp"
  17 assert_no_diff $tmp $out.3
  18 clean
  19
  20 run "$bp -I $in.4 -d $tmp_dir/protein -O $tmp"
  21 assert_no_diff $tmp $out.4
  22 clean
  23
  24 run "$bp -I $in.2 -d $tmp_dir/nucleotide -p tblastx -O $tmp"
  25 assert_no_diff $tmp $out.5
  26 clean
  27
  28 rm -rf $tmp_dir