bp_test/out/find_adaptor.out.7

   1 SEQ_NAME: test_full_length_match_forward
   2 SEQ: TCGTATGCCGTCTTCTGCTT
   3 SEQ_LEN: 20
   4 ADAPTOR_POS_LEFT: 0
   5 ADAPTOR_LEN_LEFT: 20
   6 ADAPTOR_PAT_LEFT: TCGTATGCCGTCTTCTGCTT
   7 ADAPTOR_POS_RIGHT: 19
   8 ADAPTOR_LEN_RIGHT: 1
   9 ADAPTOR_PAT_RIGHT: T
  10 ---
  11 SEQ_NAME: test_begin_match_forward
  12 SEQ: TCGTATGCCGTCTTCTGCTTactacgt
  13 SEQ_LEN: 27
  14 ADAPTOR_POS_LEFT: 0
  15 ADAPTOR_LEN_LEFT: 20
  16 ADAPTOR_PAT_LEFT: TCGTATGCCGTCTTCTGCTT
  17 ADAPTOR_POS_RIGHT: 26
  18 ADAPTOR_LEN_RIGHT: 1
  19 ADAPTOR_PAT_RIGHT: t
  20 ---
  21 SEQ_NAME: test_middle_match_forward
  22 SEQ: actgactgaTCGTATGCCGTCTTCTGCTTactacgt
  23 SEQ_LEN: 36
  24 ADAPTOR_POS_LEFT: 9
  25 ADAPTOR_LEN_LEFT: 20
  26 ADAPTOR_PAT_LEFT: TCGTATGCCGTCTTCTGCTT
  27 ADAPTOR_POS_RIGHT: 35
  28 ADAPTOR_LEN_RIGHT: 1
  29 ADAPTOR_PAT_RIGHT: t
  30 ---
  31 SEQ_NAME: test_end_match_forward
  32 SEQ: gactgaTCGTATGCCGTCTTCTGCTT
  33 SEQ_LEN: 26
  34 ADAPTOR_POS_LEFT: 6
  35 ADAPTOR_LEN_LEFT: 20
  36 ADAPTOR_PAT_LEFT: TCGTATGCCGTCTTCTGCTT
  37 ADAPTOR_POS_RIGHT: 25
  38 ADAPTOR_LEN_RIGHT: 1
  39 ADAPTOR_PAT_RIGHT: T
  40 ---
  41 SEQ_NAME: test_full_length_match_forward_rc
  42 SEQ: AAGCAGAAGACGGCATACGA
  43 SEQ_LEN: 20
  44 ---
  45 SEQ_NAME: test_begin_match_forward_rc
  46 SEQ: AAGCAGAAGACGGCATACGAactacgt
  47 SEQ_LEN: 27
  48 ADAPTOR_POS_RIGHT: 26
  49 ADAPTOR_LEN_RIGHT: 1
  50 ADAPTOR_PAT_RIGHT: t
  51 ---
  52 SEQ_NAME: test_middle_match_forward_rc
  53 SEQ: actgactgaAAGCAGAAGACGGCATACGAactacgt
  54 SEQ_LEN: 36
  55 ADAPTOR_POS_RIGHT: 35
  56 ADAPTOR_LEN_RIGHT: 1
  57 ADAPTOR_PAT_RIGHT: t
  58 ---
  59 SEQ_NAME: test_end_match_forward_rc
  60 SEQ: gactgaAAGCAGAAGACGGCATACGA
  61 SEQ_LEN: 26
  62 ---
  63 SEQ_NAME: test_full_length_match_reverse
  64 SEQ: TGACTACGACTACGACTACT
  65 SEQ_LEN: 20
  66 ADAPTOR_POS_LEFT: 0
  67 ADAPTOR_LEN_LEFT: 1
  68 ADAPTOR_PAT_LEFT: T
  69 ADAPTOR_POS_RIGHT: 0
  70 ADAPTOR_LEN_RIGHT: 20
  71 ADAPTOR_PAT_RIGHT: TGACTACGACTACGACTACT
  72 ---
  73 SEQ_NAME: test_begin_match_reverse
  74 SEQ: TGACTACGACTACGACTACTactacgt
  75 SEQ_LEN: 27
  76 ADAPTOR_POS_LEFT: 0
  77 ADAPTOR_LEN_LEFT: 1
  78 ADAPTOR_PAT_LEFT: T
  79 ADAPTOR_POS_RIGHT: 0
  80 ADAPTOR_LEN_RIGHT: 20
  81 ADAPTOR_PAT_RIGHT: TGACTACGACTACGACTACT
  82 ---
  83 SEQ_NAME: test_middle_match_reverse
  84 SEQ: actgactgaTGACTACGACTACGACTACTactacgt
  85 SEQ_LEN: 36
  86 ADAPTOR_POS_RIGHT: 9
  87 ADAPTOR_LEN_RIGHT: 20
  88 ADAPTOR_PAT_RIGHT: TGACTACGACTACGACTACT
  89 ---
  90 SEQ_NAME: test_end_match_reverse
  91 SEQ: gactgaTGACTACGACTACGACTACT
  92 SEQ_LEN: 26
  93 ADAPTOR_POS_RIGHT: 6
  94 ADAPTOR_LEN_RIGHT: 20
  95 ADAPTOR_PAT_RIGHT: TGACTACGACTACGACTACT
  96 ---
  97 SEQ_NAME: test_full_length_match_reverse_rc
  98 SEQ: AGTAGTCGTAGTCGTAGTCA
  99 SEQ_LEN: 20
 100 ---
 101 SEQ_NAME: test_begin_match_reverse_rc
 102 SEQ: AGTAGTCGTAGTCGTAGTCAactacgt
 103 SEQ_LEN: 27
 104 ADAPTOR_POS_RIGHT: 26
 105 ADAPTOR_LEN_RIGHT: 1
 106 ADAPTOR_PAT_RIGHT: t
 107 ---
 108 SEQ_NAME: test_middle_match_reverse_rc
 109 SEQ: actgactgaAGTAGTCGTAGTCGTAGTCAactacgt
 110 SEQ_LEN: 36
 111 ADAPTOR_POS_RIGHT: 35
 112 ADAPTOR_LEN_RIGHT: 1
 113 ADAPTOR_PAT_RIGHT: t
 114 ---
 115 SEQ_NAME: test_end_match_reverse_rc
 116 SEQ: gactgaAGTAGTCGTAGTCGTAGTCA
 117 SEQ_LEN: 26
 118 ---
 119 SEQ_NAME: test_forward_and_reverse_match
 120 SEQ: actgactgaTCGTATGCCGTCTTCTGCTTactacgtactgactgaTGACTACGACTACGACTACTactacgt
 121 SEQ_LEN: 72
 122 ADAPTOR_POS_LEFT: 9
 123 ADAPTOR_LEN_LEFT: 20
 124 ADAPTOR_PAT_LEFT: TCGTATGCCGTCTTCTGCTT
 125 ADAPTOR_POS_RIGHT: 45
 126 ADAPTOR_LEN_RIGHT: 20
 127 ADAPTOR_PAT_RIGHT: TGACTACGACTACGACTACT
 128 ---
 129 SEQ_NAME: test_forward_partial_match
 130 SEQ: GTCTTCTGCTTactacgtactgactgaTGACTACGACTACGACTACTactacgt
 131 SEQ_LEN: 54
 132 ADAPTOR_POS_LEFT: 0
 133 ADAPTOR_LEN_LEFT: 11
 134 ADAPTOR_PAT_LEFT: GTCTTCTGCTT
 135 ADAPTOR_POS_RIGHT: 27
 136 ADAPTOR_LEN_RIGHT: 20
 137 ADAPTOR_PAT_RIGHT: TGACTACGACTACGACTACT
 138 ---
 139 SEQ_NAME: test_reverse_partial_match
 140 SEQ: actgactgaTCGTATGCCGTCTTCTGCTTactacgtactgactgaTGACTACGAC
 141 SEQ_LEN: 55
 142 ADAPTOR_POS_LEFT: 9
 143 ADAPTOR_LEN_LEFT: 20
 144 ADAPTOR_PAT_LEFT: TCGTATGCCGTCTTCTGCTT
 145 ADAPTOR_POS_RIGHT: 45
 146 ADAPTOR_LEN_RIGHT: 10
 147 ADAPTOR_PAT_RIGHT: TGACTACGAC
 148 ---
 149 SEQ_NAME: test_forward_and_reverse_match_with_mismatch
 150 SEQ: actgactgaTCGTAccCCGTCTTCTGCTTactacgtactgactgaTGACTACGAggACGACTACTactacgt
 151 SEQ_LEN: 72
 152 ADAPTOR_POS_RIGHT: 71
 153 ADAPTOR_LEN_RIGHT: 1
 154 ADAPTOR_PAT_RIGHT: t
 155 ---
 156 SEQ_NAME: test_forward_and_reverse_match_with_insertion
 157 SEQ: actgactgaTCGTATCGTCTTCTGCTTactacgtactgactgaTGACTACGACCGACTACTactacgt
 158 SEQ_LEN: 68
 159 ADAPTOR_POS_RIGHT: 67
 160 ADAPTOR_LEN_RIGHT: 1
 161 ADAPTOR_PAT_RIGHT: t
 162 ---
 163 SEQ_NAME: test_forward_and_reverse_match_with_deletion
 164 SEQ: actgactgaTCGTATGaaCCGTCTTCTGCTTactacgtactgactgaTGACTACGACTAaaCGACTACTactacgt
 165 SEQ_LEN: 76
 166 ADAPTOR_POS_RIGHT: 75
 167 ADAPTOR_LEN_RIGHT: 1
 168 ADAPTOR_PAT_RIGHT: t
 169 ---