bp_test/out/find_adaptor.out.2

   1 SEQ_NAME: test_full_length_adaptor
   2 SEQ: TCGTATGCCGTCTTCTGCTTG
   3 SEQ_LEN: 21
   4 ---
   5 SEQ_NAME: test_begin_match
   6 SEQ: TCGTATGCCGTCTTCTGCTTGactacgt
   7 SEQ_LEN: 28
   8 ADAPTOR_POS: 24
   9 ADAPTOR_LEN: 4
  10 ADAPTOR_MATCH: acgt
  11 ---
  12 SEQ_NAME: test_middle_match
  13 SEQ: actgactgaTCGTATGCCGTCTTCTGCTTGactacgt
  14 SEQ_LEN: 37
  15 ADAPTOR_POS: 33
  16 ADAPTOR_LEN: 4
  17 ADAPTOR_MATCH: acgt
  18 ---
  19 SEQ_NAME: test_end_match
  20 SEQ: gactgaTCGTATGCCGTCTTCTGCTTG
  21 SEQ_LEN: 27
  22 ADAPTOR_POS: 24
  23 ADAPTOR_LEN: 3
  24 ADAPTOR_MATCH: TTG
  25 ---
  26 SEQ_NAME: test_pos_begin
  27 SEQ: gactgaTCGTATGCCGTCTTCTGCTTGgactgaTCGTATGCCGTCTTCTGCTTGacgta
  28 SEQ_LEN: 59
  29 ADAPTOR_POS: 33
  30 ADAPTOR_LEN: 21
  31 ADAPTOR_MATCH: TCGTATGCCGTCTTCTGCTTG
  32 ---
  33 SEQ_NAME: test_edit_dist_5
  34 SEQ: actgactgaTCGGATGCGGTCTCATGTTGactacgt
  35 SEQ_LEN: 36
  36 ADAPTOR_POS: 32
  37 ADAPTOR_LEN: 4
  38 ADAPTOR_MATCH: acgt
  39 ---
  40 SEQ_NAME: test_end_trim
  41 SEQ: gtgacactatcgatacgatcgacactgaTCGTA
  42 SEQ_LEN: 33
  43 ADAPTOR_POS: 28
  44 ADAPTOR_LEN: 5
  45 ADAPTOR_MATCH: TCGTA
  46 ---
  47 SEQ_NAME: test_end_trim_edit_dist_1
  48 SEQ: gatgatcgtagcgatcgatcgacgctgaTCGTG
  49 SEQ_LEN: 33
  50 ADAPTOR_POS: 28
  51 ADAPTOR_LEN: 4
  52 ADAPTOR_MATCH: TCGT
  53 ---