bp_test/out/find_adaptor.out.1

   1 SEQ_NAME: test_full_length_adaptor
   2 SEQ: TCGTATGCCGTCTTCTGCTTG
   3 SEQ_LEN: 21
   4 ADAPTOR_POS: 0
   5 ADAPTOR_LEN: 21
   6 ADAPTOR_MATCH: TCGTATGCCGTCTTCTGCTTG
   7 ---
   8 SEQ_NAME: test_begin_match
   9 SEQ: TCGTATGCCGTCTTCTGCTTGactacgt
  10 SEQ_LEN: 28
  11 ADAPTOR_POS: 0
  12 ADAPTOR_LEN: 21
  13 ADAPTOR_MATCH: TCGTATGCCGTCTTCTGCTTG
  14 ---
  15 SEQ_NAME: test_middle_match
  16 SEQ: actgactgaTCGTATGCCGTCTTCTGCTTGactacgt
  17 SEQ_LEN: 37
  18 ADAPTOR_POS: 9
  19 ADAPTOR_LEN: 21
  20 ADAPTOR_MATCH: TCGTATGCCGTCTTCTGCTTG
  21 ---
  22 SEQ_NAME: test_end_match
  23 SEQ: gactgaTCGTATGCCGTCTTCTGCTTG
  24 SEQ_LEN: 27
  25 ADAPTOR_POS: 6
  26 ADAPTOR_LEN: 21
  27 ADAPTOR_MATCH: TCGTATGCCGTCTTCTGCTTG
  28 ---
  29 SEQ_NAME: test_pos_begin
  30 SEQ: gactgaTCGTATGCCGTCTTCTGCTTGgactgaTCGTATGCCGTCTTCTGCTTGacgta
  31 SEQ_LEN: 59
  32 ADAPTOR_POS: 6
  33 ADAPTOR_LEN: 21
  34 ADAPTOR_MATCH: TCGTATGCCGTCTTCTGCTTG
  35 ---
  36 SEQ_NAME: test_edit_dist_5
  37 SEQ: actgactgaTCGGATGCGGTCTCATGTTGactacgt
  38 SEQ_LEN: 36
  39 ADAPTOR_POS: 32
  40 ADAPTOR_LEN: 4
  41 ADAPTOR_MATCH: acgt
  42 ---
  43 SEQ_NAME: test_end_trim
  44 SEQ: gtgacactatcgatacgatcgacactgaTCGTA
  45 SEQ_LEN: 33
  46 ADAPTOR_POS: 28
  47 ADAPTOR_LEN: 5
  48 ADAPTOR_MATCH: TCGTA
  49 ---
  50 SEQ_NAME: test_end_trim_edit_dist_1
  51 SEQ: gatgatcgtagcgatcgatcgacgctgaTCGTG
  52 SEQ_LEN: 33
  53 ADAPTOR_POS: 28
  54 ADAPTOR_LEN: 4
  55 ADAPTOR_MATCH: TCGT
  56 ---