]> git.donarmstrong.com Git - biopieces.git/blob - bp_scripts/trim_seq.sh
added tests to remove_primers
[biopieces.git] / bp_scripts / trim_seq.sh
1 #!/bin/sh
2
3 # Trim sequences in the stream based on quality scores and
4 # outputs a number of plots.
5
6 pid=$$
7
8 plot_scores -t post -o 00_trim_seq_scores_pretrim.$pid.ps |
9 plot_lendist -k SEQ_LEN -t post -o 01_trim_seq_lendist_pretrim.$pid.ps |
10 trim_seq |
11 grab -e "SEQ_LEN>=30" |
12 mean_scores -l |
13 grab -e "SCORES_LOCAL_MEAN>=15" |
14 plot_scores -t post -o 02_trim_seq_scores_posttrim.$pid.ps |
15 plot_lendist -k SEQ_LEN -t post -o 03_trim_seq_lendist_posttrim.$pid.ps