bp_scripts/remove_adaptor_454.sh

   1 #!/bin/sh
   2
   3 # Remove adaptor from sequences and produce a number of plots.
   4
   5 # Usage: read_fastq -i test.fq | remove_adaptor.sh | write_fastq -xo test_no_adaptor.fq
   6
   7 adaptor='TCGTATGCCGTCTTCTGCTTG' # 454 adaptor
   8 pid=$$
   9
  10 #find_adaptor -a $adaptor |
  11 plot_lendist -t post -o 00_remove_adaptor_lendist_seq_before.$pid.ps -k SEQ_LEN |
  12 parallel -k --blocksize 50M --pipe --recend "\n---\n" "nice -n 19 find_adaptor -a $adaptor" |
  13 plot_histogram -t post -o 01_remove_adaptor_histogram_adaptor_pos.$pid.ps -k ADAPTOR_POS -s num |
  14 plot_lendist -t post -o 02_remove_adaptor_lendist_adaptor_len.$pid.ps -k ADAPTOR_LEN |
  15 plot_lendist -t post -o 03_remove_adaptor_lendist_seq_after.$pid.ps -k SEQ_LEN |
  16 analyze_vals -k ADAPTOR_POS,ADAPTOR_LEN -o 04_remove_adaptor_analyze_vals.$pid.txt |
  17 clip_adaptor