bp_conf/bashrc

   1 ### >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
   2
   3 ### Stuff that enables biopieces.
   4
   5 ### Initially we need to configure the directories where biopieces are installed
   6 ### and where the data (genomes and indexes) that the biopieces work on are installed.
   7 ### Allso, it is possible to change the temporary directory from the system's tmp.
   8
   9 export BP_DIR="/Users/m.hansen/biopieces"         # Directory where biopieces are installed
  10 export BP_DATA="/Users/m.hansen/bio_piece_data"   # Contains genomic data etc.
  11 export BP_TMP="/tmp"                              # Required temporary directory.
  12
  13
  14 ### The below bin directory should hold biopiece executables - regardsles of programming language.
  15
  16 export BP_BIN="$BP_DIR/bp_bin"              # Directory with biopiece executables.
  17
  18
  19 ### The following directories hold the biopiece libraries, modules, gems, etc - one per programming language.
  20
  21 export BP_PERL="$BP_DIR/code_perl"          # Direcotry with Perl code.
  22 export BP_C="$BP_DIR/code_c"                # Direcotry with c code.
  23 export BP_PYTHON="$BP_DIR/code_python"      # Direcotry with Pyton code.
  24 export BP_RUBY="$BP_DIR/code_ruby"          # Direcotry with Ruby code.
  25
  26
  27 ### Here we add the biopiece variable to the existing PATH and PERL5LIB variables.
  28
  29 export PATH="$PATH:$BP_BIN"
  30 export PERL5LIB="$PERL5LIB:$BP_PERL"
  31
  32 ### Alias allowing power scripting with biopieces.
  33
  34 alias bioscript="perl -MMaasha::Biopieces=read_stream,get_record,put_record -e"
  35
  36
  37 ### >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  38
  39
  40 ### Martin A. Hansen, June 2008