bp_conf/bashrc

   1 ### >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
   2
   3 ### Stuff that enables biopieces.
   4
   5 ### BP_DIR, BP_DATA, BP_TMP, and BP_LOG should all be set in ~/.bashrc
   6 ### see http://code.google.com/p/biopieces/wiki/Installation
   7
   8 ### The below bin directory should hold biopiece executables - regardsles of programming language.
   9
  10 export BP_BIN="$BP_DIR/bp_bin"              # Directory with biopiece executables.
  11
  12 ### The following directories hold the biopiece libraries, modules, gems, etc - one per programming language.
  13
  14 export BP_PERL="$BP_DIR/code_perl"          # Direcotry with Perl code.
  15 export BP_C="$BP_DIR/code_c"                # Direcotry with c code.
  16 export BP_PYTHON="$BP_DIR/code_python"      # Direcotry with Pyton code.
  17 export BP_RUBY="$BP_DIR/code_ruby"          # Direcotry with Ruby code.
  18
  19 ### Here we add the biopiece variable to the existing PATH and PERL5LIB variables.
  20
  21 export PATH="$PATH:$BP_BIN"
  22 export PERL5LIB="$PERL5LIB:$BP_PERL"
  23
  24 ### Alias allowing power scripting with biopieces.
  25
  26 alias bioscript="perl -MMaasha::Biopieces=read_stream,get_record,put_record -e"
  27
  28
  29 ### >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  30
  31
  32 ### Martin A. Hansen, June 2008