bp_bin/write_ucsc_config

   1 #!/usr/bin/env perl -w
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Write UCSC Genome Browser track configuration format (`.ra` files).
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use strict;
  30 use Maasha::Biopieces;
  31 use Maasha::UCSC;
  32
  33
  34 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  35
  36
  37 my ( $options, $in, $out, $record, $fh );
  38
  39 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  40     [
  41         { long => 'no_stream', short => 'x', type => 'flag', mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  42         { long => 'data_out',  short => 'o', type => 'file', mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  43     ]
  44 );
  45
  46 $in       = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  47 $out      = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  48
  49
  50 $fh = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "data_out" } );
  51
  52 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  53 {
  54     Maasha::UCSC::ucsc_config_entry_put( $record, $fh ) if $record->{ "REC_TYPE" } eq "UCSC Config";
  55
  56     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out ) if not $options->{ "no_stream" };
  57 }
  58
  59 close $fh;
  60
  61
  62 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  63
  64
  65 BEGIN
  66 {
  67     $run_time_beg = Maasha::Biopieces::run_time();
  68
  69     Maasha::Biopieces::log_biopiece();
  70 }
  71
  72 END
  73 {
  74     Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
  75     Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
  76
  77     $run_time_end = Maasha::Biopieces::run_time();
  78
  79     Maasha::Biopieces::run_time_print( $run_time_beg, $run_time_end, $options );
  80 }
  81
  82
  83 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  84
  85
  86 __END__