bp_bin/write_solid

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Write sequences from the stream in SOLID format.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use strict;
  30 use Maasha::Biopieces;
  31 use Maasha::Fasta;
  32 use Maasha::Solid;
  33
  34
  35 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  36
  37
  38 my ( $options, $in, $out, $record, $fh, $entry );
  39
  40 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  41     [
  42         { long => 'no_stream', short => 'x', type => 'flag', mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  43         { long => 'data_out',  short => 'o', type => 'file', mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  44         { long => 'wrap',      short => 'w', type => 'uint', mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => '0' },
  45         { long => 'compress',  short => 'Z', type => 'flag', mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  46     ]
  47 );
  48
  49 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  50 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  51
  52 $fh = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "data_out" }, $options->{ "compress" } );
  53
  54 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  55 {
  56     if ( $entry = Maasha::Fasta::biopiece2fasta( $record ) )
  57     {
  58         $record->{ 'SEQ' } = Maasha::Solid::seq2color_space( uc $record->{ 'SEQ' } );
  59
  60         Maasha::Fasta::put_entry( $entry, $fh, $options->{ "wrap" } );
  61     }
  62
  63     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out ) if not $options->{ "no_stream" };
  64 }
  65
  66 close $fh;
  67
  68 Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
  69 Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
  70
  71
  72 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  73
  74
  75 BEGIN
  76 {
  77     Maasha::Biopieces::status_set();
  78 }
  79
  80
  81 END
  82 {
  83     Maasha::Biopieces::status_log();
  84 }
  85
  86
  87 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  88
  89
  90 __END__