bp_bin/write_psl

   1 #!/usr/bin/env perl -w
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Write PSL entries from stream.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use strict;
  30 use Maasha::Biopieces;
  31 use Maasha::UCSC::PSL;
  32
  33
  34 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  35
  36
  37 my ( $run_time_beg, $run_time_end, $options, $in, $out, $fh, $record, @output, $first );
  38
  39 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  40     [
  41         { long => 'no_stream', short => 'x', type => 'flag', mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  42         { long => 'data_out',  short => 'o', type => 'file', mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  43         { long => 'compress',  short => 'Z', type => 'flag', mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  44     ]
  45 );
  46
  47 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  48 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  49
  50 $first = 1;
  51
  52 $fh = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "data_out" }, $options->{ "compress" } );
  53
  54 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  55 {
  56     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out ) if not $options->{ "no_stream" };
  57
  58     if ( $record->{ "REC_TYPE" } and $record->{ "REC_TYPE" } eq "PSL" )
  59     {
  60         Maasha::UCSC::psl_put_header( $fh ) if $first;
  61         Maasha::UCSC::psl_put_entry( $record, $fh );
  62         $first = 0;
  63     }
  64 }
  65
  66 close $fh;
  67
  68
  69 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  70
  71
  72 BEGIN
  73 {
  74     $run_time_beg = Maasha::Biopieces::run_time();
  75
  76     Maasha::Biopieces::log_biopiece();
  77 }
  78
  79 END
  80 {
  81     Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
  82     Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
  83
  84     $run_time_end = Maasha::Biopieces::run_time();
  85
  86     Maasha::Biopieces::run_time_print( $run_time_beg, $run_time_end, $options );
  87 }
  88
  89
  90 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  91
  92
  93 __END__