bp_bin/write_fixedstep

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Write fixedStep from records in the stream.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use warnings;
  30 use strict;
  31 use Data::Dumper;
  32 use Maasha::Biopieces;
  33 use Maasha::UCSC::Wiggle;
  34
  35
  36 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  37
  38
  39 my ( $options, $in, $out, $fh, $record, $entry );
  40
  41 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  42     [
  43         { long => 'key',       short => 'k', type => 'string', mandatory => 'no',  default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  44         { long => 'step',      short => 's', type => 'uint',   mandatory => 'no',  default => 1,     allowed => undef, disallowed => undef },
  45         { long => 'no_stream', short => 'x', type => 'flag',   mandatory => 'no',  default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  46         { long => 'data_out',  short => 'o', type => 'file',   mandatory => 'no',  default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  47         { long => 'compress',  short => 'Z', type => 'flag',   mandatory => 'no',  default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  48     ]
  49 );
  50
  51 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  52 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  53
  54 $fh = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "data_out" }, $options->{ "compress" } );
  55
  56 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  57 {
  58     if ( $entry = Maasha::UCSC::Wiggle::biopiece2fixedstep( $record, $options->{ "key" }, $options->{ "step" } ) ) {
  59         Maasha::UCSC::Wiggle::fixedstep_entry_put( $entry, $fh );
  60     }
  61
  62     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out ) if not $options->{ "no_stream" };
  63 }
  64
  65 close $fh;
  66
  67 Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
  68 Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
  69
  70
  71 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  72
  73
  74 BEGIN
  75 {
  76     Maasha::Biopieces::status_set();
  77 }
  78
  79
  80 END
  81 {
  82     Maasha::Biopieces::status_log();
  83 }
  84
  85
  86 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  87
  88
  89 __END__