]> git.donarmstrong.com Git - biopieces.git/blob - bp_bin/write_blast
workied on pair wise aligner
[biopieces.git] / bp_bin / write_blast
1 #!/usr/bin/env perl
2
3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
4
5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
8 # of the License, or (at your option) any later version.
9
10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
13 # GNU General Public License for more details.
14
15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
16 # along with this program; if not, write to the Free Software
17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
18
19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
20
21
22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
23
24 # Write tabular BLAST output from the stream.
25
26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
27
28
29 use warnings;
30 use strict;
31 use Maasha::Fasta;
32 use Maasha::Biopieces;
33
34
35 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
36
37
38 my ( $options, $in, $out, $record, $first, $entry, $data_out );
39
40 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
41     [
42         { long => 'no_stream', short => 'x', type => 'flag', mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
43         { long => 'data_out',  short => 'o', type => 'file', mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
44         { long => 'comment',   short => 'c', type => 'flag', mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
45         { long => 'compress',  short => 'Z', type => 'flag', mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
46     ]   
47 );
48
49 $in       = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
50 $out      = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
51 $data_out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "data_out" }, $options->{ "compress" } ) ;
52
53 $first = 1;
54
55 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) ) 
56 {
57     if ( $entry = biopiece2blast_tab( $record ) )
58     {
59         if ( $options->{ "comment" } and $first )
60         {
61             print $data_out "# Fields: Query id, Subject id, % identity, alignment length, mismatches, gap openings, q. start, q. end, s. start, s. end, e-value, bit score\n";
62
63             $first = 0;
64         }
65
66         print $data_out join( "\t", @{ $entry } ), "\n";
67     }
68
69     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out ) if not $options->{ "no_stream" };
70 }
71
72 close $data_out;
73
74 Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
75 Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
76
77
78 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> SUBROUTINES <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
79
80
81 sub biopiece2blast_tab
82 {
83     # Martin A. Hansen, May 2009.
84
85     # Convert a Biopiece record to a BLAST tabular entry.
86     # Note that we correct positions because BLAST is 1-based.
87
88     my ( $record,   # hashref
89        ) = @_;
90
91     # Returns a list.
92
93     my ( @fields, $s_beg, $s_end );
94
95     return undef if not defined $record->{ 'REC_TYPE' } or not $record->{ 'REC_TYPE' } eq "BLAST";
96
97     if ( $record->{ "STRAND" } eq '+' )
98     {
99         $s_beg = $record->{ "S_BEG" };
100         $s_end = $record->{ "S_END" };
101     }
102     else
103     {
104         $s_beg = $record->{ "S_END" };
105         $s_end = $record->{ "S_BEG" };
106     }
107
108     $fields[ 0 ]  = $record->{ "Q_ID" };
109     $fields[ 1 ]  = $record->{ "S_ID" };
110     $fields[ 2 ]  = $record->{ "IDENT" };
111     $fields[ 3 ]  = $record->{ "ALIGN_LEN" };
112     $fields[ 4 ]  = $record->{ "MISMATCHES" };
113     $fields[ 5 ]  = $record->{ "GAPS" };
114     $fields[ 6 ]  = $record->{ "Q_BEG" } + 1;
115     $fields[ 7 ]  = $record->{ "Q_END" } + 1;
116     $fields[ 8 ]  = $s_beg + 1;
117     $fields[ 9 ]  = $s_end + 1;
118     $fields[ 10 ] = $record->{ "E_VAL" };
119     $fields[ 11 ] = $record->{ "BIT_SCORE" };
120
121     return wantarray ? @fields : \@fields;
122 }
123
124
125 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
126
127
128 BEGIN
129 {
130     Maasha::Biopieces::status_set();
131 }
132
133
134 END
135 {
136     Maasha::Biopieces::status_log();
137 }
138
139
140 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
141
142
143 __END__