bp_bin/write_bed

   1 #!/usr/bin/env perl -w
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Write BED entries from stream.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use strict;
  30 use Maasha::Biopieces;
  31 use Maasha::UCSC::BED;
  32
  33
  34 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  35
  36
  37 my ( $options, $in, $out, $fh, $record, $bed_entry, $new_record );
  38
  39 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  40     [
  41         { long => 'cols',      short => 'c', type => 'uint', mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => '0' },
  42         { long => 'check',     short => 'C', type => 'flag', mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  43         { long => 'no_stream', short => 'x', type => 'flag', mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  44         { long => 'data_out',  short => 'o', type => 'file', mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  45         { long => 'compress',  short => 'Z', type => 'flag', mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  46     ]
  47 );
  48
  49 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  50 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  51
  52 $fh = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ 'data_out' }, $options->{ 'compress' } );
  53
  54 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  55 {
  56     $record = Maasha::UCSC::psl2record( $record ) if $record->{ 'tBaseInsert' }; # Dirty addition to allow Affy data from MySQL to be dumped
  57
  58     if ( $bed_entry = Maasha::UCSC::BED::biopiece2bed( $record, $options->{ 'cols' } ) ) {
  59         Maasha::UCSC::BED::bed_entry_put( $bed_entry, $fh, $options->{ 'cols' }, $options->{ 'check' } );
  60     }
  61
  62     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out ) if not $options->{ 'no_stream' };
  63 }
  64
  65 close $fh;
  66
  67 Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
  68 Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
  69
  70
  71 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  72
  73
  74 BEGIN
  75 {
  76     Maasha::Biopieces::status_set();
  77 }
  78
  79
  80 END
  81 {
  82     Maasha::Biopieces::status_log();
  83 }
  84
  85
  86 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  87
  88
  89 __END__