bp_bin/write_2bit

   1 #!/usr/bin/env perl -w
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Write nucleotide sequences in 2bit format.
  25
  26 # WARNING WARNING There is a bug that prevents 2bit output to be read by Jim Kents tools. WARNING WARNING
  27 #                 Possibly the padding is wrong.
  28
  29 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  30
  31
  32 use strict;
  33 use Maasha::Fasta;
  34 use Maasha::Biopieces;
  35 use Maasha::Filesys;
  36 use Maasha::TwoBit;
  37
  38
  39 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  40
  41
  42 my ( $options, $in, $out, $record, $mask, $tmp_dir, $tmp_file, $fh_tmp, $fh_in, $fh_out, $entry );
  43
  44 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  45     [
  46         { long => 'no_stream', short => 'x', type => 'flag', mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  47         { long => 'data_out',  short => 'o', type => 'file', mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  48         { long => 'no_mask',   short => 'N', type => 'flag', mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  49     ]
  50 );
  51
  52 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  53 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  54
  55 $mask = 1 if not $options->{ "no_mask" };
  56
  57 $tmp_dir = Maasha::Biopieces::get_tmpdir();
  58
  59 $tmp_file = "$tmp_dir/write_2bit.fna";
  60
  61 $fh_tmp   = Maasha::Filesys::file_write_open( $tmp_file );
  62
  63 $fh_out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "data_out" } );
  64
  65 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  66 {
  67     if ( $entry = Maasha::Fasta::biopiece2fasta( $record ) ) {
  68         Maasha::Fasta::put_entry( $entry, $fh_tmp );
  69     }
  70
  71     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out ) if not $options->{ "no_stream" };
  72 }
  73
  74 close $fh_tmp;
  75
  76 $fh_in = Maasha::Filesys::file_read_open( $tmp_file );
  77
  78 Maasha::TwoBit::fasta2twobit( $fh_in, $fh_out, $mask );
  79
  80 close $fh_in;
  81 close $fh_out;
  82
  83 unlink $tmp_file;
  84
  85 Maasha::Filesys::dir_remove( $tmp_dir );
  86
  87 Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
  88 Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
  89
  90
  91 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  92
  93
  94 BEGIN
  95 {
  96     Maasha::Biopieces::status_set();
  97 }
  98
  99
 100 END
 101 {
 102     Maasha::Biopieces::status_log();
 103 }
 104
 105
 106 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 107
 108
 109 __END__