bp_bin/upload_to_KISS

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Write Biopiece records to the KISS Genome browser.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use warnings;
  30 use strict;
  31 use Maasha::Common;
  32 use Maasha::KISS::IO;
  33 use Maasha::Biopieces;
  34 use Maasha::Fasta;
  35 use Maasha::Filesys;
  36
  37 use constant {
  38     SEQ_NAME => 0,
  39     SEQ      => 1,
  40 };
  41
  42
  43 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  44
  45
  46 my ( $data_dir, $user, $options, $path, $in, $out, $tmp_dir, %fh_hash, $fh_out, $record, $entry, $key, @dirs, $dir, $dst_dir, @nums, $num, $contig_dir );
  47
  48 $data_dir = Maasha::Biopieces::biopiecesrc( "KISS_DATA_DIR" );
  49 $user     = Maasha::Biopieces::biopiecesrc( "KISS_USER" );
  50
  51 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  52     [
  53         { long => 'user',       short => 'u', type => 'string', mandatory => 'no',  default => $user, allowed => undef, disallowed => undef },
  54         { long => 'clade',      short => 'c', type => 'string', mandatory => 'yes', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  55         { long => 'genome',     short => 'g', type => 'string', mandatory => 'yes', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  56         { long => 'assembly',   short => 'a', type => 'string', mandatory => 'yes', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  57         { long => 'track_name', short => 't', type => 'string', mandatory => 'no',  default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  58         { long => 'no_stream',  short => 'x', type => 'flag',   mandatory => 'no',  default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  59     ]
  60 );
  61
  62 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  63 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  64
  65 if ( $options->{ 'track_name' } )
  66 {
  67     $options->{ 'track_name' } =~ tr/ /_/;
  68
  69     $path = join "/", $data_dir, "Users/", $options->{ 'user' }, $options->{ 'clade' }, $options->{ 'genome' }, $options->{ 'assembly' };
  70
  71     Maasha::Common::error( qq(Path not found: "$path") ) if not -d $path;
  72
  73     $tmp_dir = Maasha::Biopieces::get_tmpdir();
  74
  75     while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  76     {
  77         if ( $entry = Maasha::KISS::IO::biopiece2kiss( $record ) )
  78         {
  79             if ( not exists $fh_hash{ $entry->{ 'S_ID' } } ) {
  80                 $fh_hash{ $entry->{ 'S_ID' } } = Maasha::Filesys::file_write_open( "$tmp_dir/$entry->{ 'S_ID' }" );
  81             }
  82
  83             $fh_out = $fh_hash{ $entry->{ 'S_ID' } };
  84
  85             Maasha::KISS::IO::kiss_entry_put( $entry, $fh_out );
  86         }
  87
  88         Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out ) if not $options->{ "no_stream" };
  89     }
  90
  91     foreach $key ( keys %fh_hash )
  92     {
  93         close $fh_hash{ $key };
  94
  95         $dst_dir = Maasha::Filesys::dir_create_if_not_exists( "$path/$key" );
  96         $dst_dir = Maasha::Filesys::dir_create_if_not_exists( "$dst_dir/Tracks" );
  97
  98         @dirs = Maasha::Filesys::ls_dirs( $dst_dir );
  99
 100         foreach $dir ( @dirs )
 101         {
 102             $dir = ( split "/", $dir )[ -1 ];
 103
 104             if ( $dir =~ /^(\d+)/ ) {
 105                 push @nums, $1;
 106             }
 107         }
 108
 109         @nums = sort { $a <=> $b } @nums;
 110
 111         $num = $nums[ -1 ] || 0;
 112
 113         $num += 10;
 114
 115         $dst_dir = "$dst_dir/$num" . "_$options->{ 'track_name' }";
 116
 117         Maasha::Filesys::dir_create( $dst_dir );
 118
 119         Maasha::Filesys::file_copy( "$tmp_dir/$key", "$dst_dir/track_data.kiss" );
 120
 121         Maasha::KISS::IO::kiss_sort( "$dst_dir/track_data.kiss" );
 122         Maasha::KISS::IO::kiss_index( "$dst_dir/track_data.kiss" );
 123
 124         unlink "$tmp_dir/$key";
 125     }
 126 }
 127 else
 128 {
 129     $path = join "/", $data_dir, "Users/", $options->{ 'user' }, $options->{ 'clade' };
 130
 131     Maasha::Common::error( qq(Path not found: "$path") ) if not -d $path;
 132
 133     $dst_dir = Maasha::Filesys::dir_create( "$path/$options->{ 'genome' }" );
 134     $dst_dir = Maasha::Filesys::dir_create( "$dst_dir/$options->{ 'assembly' }" );
 135
 136     while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
 137     {
 138         if ( $entry = Maasha::Fasta::biopiece2fasta( $record ) )
 139         {
 140             $entry->[ SEQ_NAME ] = ( split " ", $entry->[ SEQ_NAME ] )[ 0 ];
 141             $contig_dir = Maasha::Filesys::dir_create( "$dst_dir/$entry->[ SEQ_NAME ]" );
 142             $contig_dir = Maasha::Filesys::dir_create( "$contig_dir/Sequence" );
 143
 144             $fh_out = Maasha::Filesys::file_write_open( "$contig_dir/sequence.txt" );
 145             print $fh_out $entry->[ SEQ ];
 146             close $fh_out;
 147         }
 148     }
 149 }
 150
 151 Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
 152 Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
 153
 154
 155 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 156
 157
 158 BEGIN
 159 {
 160     Maasha::Biopieces::status_set();
 161 }
 162
 163
 164 END
 165 {
 166     Maasha::Biopieces::status_log();
 167 }
 168
 169
 170 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 171
 172
 173 __END__