bp_bin/uniq_vals

   1 #!/usr/bin/env perl -w
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Select unique or non-unique records from the stream based on the value of a given key.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use strict;
  30 use Maasha::Biopieces;
  31
  32
  33 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  34
  35
  36 my ( $run_time_beg, $run_time_end, $options, $in, $out, %hash, $record );
  37
  38 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  39     [
  40         { long => 'key',    short => 'k', type => 'string', mandatory => 'yes', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  41         { long => 'invert', short => 'i', type => 'flag',   mandatory => 'no',  default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  42     ]
  43 );
  44
  45 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  46 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  47
  48 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  49 {
  50     if ( $record->{ $options->{ "key" } } )
  51     {
  52         if ( not $hash{ $record->{ $options->{ "key" } } } and not $options->{ "invert" } )
  53         {
  54             Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  55
  56             $hash{ $record->{ $options->{ "key" } } } = 1;
  57         }
  58         elsif ( $hash{ $record->{ $options->{ "key" } } } and $options->{ "invert" } )
  59         {
  60             Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  61         }
  62         else
  63         {
  64             $hash{ $record->{ $options->{ "key" } } } = 1;
  65         }
  66     }
  67     else
  68     {
  69         Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  70     }
  71 }
  72
  73
  74 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  75
  76
  77 BEGIN
  78 {
  79     $run_time_beg = Maasha::Biopieces::run_time();
  80
  81     Maasha::Biopieces::log_biopiece();
  82 }
  83
  84
  85 END
  86 {
  87     Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
  88     Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
  89
  90     $run_time_end = Maasha::Biopieces::run_time();
  91
  92     Maasha::Biopieces::run_time_print( $run_time_beg, $run_time_end, $options );
  93 }
  94
  95
  96 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  97
  98
  99 __END__
 100