bp_bin/trim_seq

   1 #!/usr/bin/env ruby
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2011 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  22
  23 # This program is part of the Biopieces framework (www.biopieces.org).
  24
  25 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  26
  27 # Trim sequence ends for residues with a low quality score.
  28
  29 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  30
  31 require 'maasha/biopieces'
  32 require 'pp'
  33
  34 casts = []
  35 casts << {:long=>'min',  :short=>'m', :type=>'uint',   :mandatory=>true, :default=>15,     :allowed=>nil, :disallowed=>'0'}
  36 casts << {:long=>'trim', :short=>'t', :type=>'string', :mandatory=>true, :default=>'both', :allowed=>'left,right,both', :disallowed=>nil}
  37
  38 options = Biopieces.options_parse(ARGV, casts)
  39
  40 ILLUMINA_BASE = 64
  41
  42 regex_left  = Regexp.new("^[#{(ILLUMINA_BASE).chr}-#{(ILLUMINA_BASE + options[:min]).chr}]+")
  43 regex_right = Regexp.new("[#{(ILLUMINA_BASE).chr}-#{(ILLUMINA_BASE + options[:min]).chr}]+$")
  44
  45 Biopieces.open(options[:stream_in], options[:stream_out]) do |input, output|
  46   input.each_record do |record|
  47     if record.has_key? :SEQ and record.has_key? :SCORES
  48       case options[:trim]
  49       when /both/
  50         record[:SCORES].match(regex_right) do |m|
  51           record[:SEQ]       = record[:SEQ][0 ... record[:SEQ].length - m.to_s.length]
  52           record[:SCORES]    = $`
  53           record[:SEQ_LEN]   = record[:SEQ].length
  54           record[:TRIM_LEFT] = m.to_s.length
  55         end
  56         record[:SCORES].match(regex_left) do |m|
  57           record[:SEQ]        = record[:SEQ][m.to_s.length ... record[:SEQ].length]
  58           record[:SCORES]     = $'
  59           record[:SEQ_LEN]    = record[:SEQ].length
  60           record[:TRIM_RIGHT] = $'.length - 1
  61         end
  62       when /left/
  63         record[:SCORES].match(regex_left) do |m|
  64           record[:SEQ]       = record[:SEQ][m.to_s.length ... record[:SEQ].length]
  65           record[:SCORES]    = $'
  66           record[:SEQ_LEN]   = record[:SEQ].length
  67           record[:TRIM_LEFT] = m.to_s.length
  68         end
  69       when /right/
  70         record[:SCORES].match(regex_right) do |m|
  71           record[:SEQ]        = record[:SEQ][0 ... record[:SEQ].length - m.to_s.length]
  72           record[:SCORES]     = $`
  73           record[:SEQ_LEN]    = record[:SEQ].length
  74           record[:TRIM_RIGHT] = $`.length - 1
  75         end
  76       end
  77     end
  78
  79     output.puts record
  80   end
  81 end
  82
  83
  84 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  85
  86
  87 __END__