bp_bin/trim_seq

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2010 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Trim sequence ends for residues with a low quality score.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use warnings;
  30 use strict;
  31 use Maasha::Biopieces;
  32 use Maasha::Fastq;
  33
  34
  35 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  36
  37
  38 my ( $options, $in, $out, $record, $left, $right, $pos_l, $pos_r );
  39
  40 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  41     [
  42         { long => 'min',  short => 'm', type => 'uint',   mandatory => 'no', default => 15,     allowed => undef,             disallowed => 0 },
  43         { long => 'trim', short => 't', type => 'string', mandatory => 'no', default => 'both', allowed => 'left,right,both', disallowed => undef },
  44     ]
  45 );
  46
  47 $right = 1 if $options->{ 'trim' } eq 'right';
  48 $left  = 1 if $options->{ 'trim' } eq 'left';
  49 $right = 1 if $options->{ 'trim' } eq 'both';
  50 $left  = 1 if $options->{ 'trim' } eq 'both';
  51
  52 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  53 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  54
  55 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  56 {
  57     if ( exists $record->{ 'SEQ' } and exists $record->{ 'SCORES' } )
  58     {
  59         if ( $right )
  60         {
  61             $pos_r = Maasha::Fastq::trim_right( $record->{ 'SCORES' }, $options->{ 'min' } );
  62
  63             $record->{ 'SEQ' }       = substr $record->{ 'SEQ' }, 0, $pos_r + 1;
  64             $record->{ 'SCORES' }    = substr $record->{ 'SCORES' }, 0, $pos_r + 1;
  65             $record->{ 'TRIM_RIGHT' } = $pos_r;
  66         }
  67
  68         if ( $left )
  69         {
  70             $pos_l = Maasha::Fastq::trim_left( $record->{ 'SCORES' }, $options->{ 'min' } );
  71
  72             $record->{ 'SEQ' }      = substr $record->{ 'SEQ' }, $pos_l;
  73             $record->{ 'SCORES' }   = substr $record->{ 'SCORES' }, $pos_l;
  74             $record->{ 'TRIM_LEFT' } = $pos_l;
  75         }
  76
  77         $record->{ 'SEQ_LEN' } = length $record->{ 'SEQ' };
  78     }
  79
  80     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  81 }
  82
  83 Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
  84 Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
  85
  86
  87 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  88
  89
  90 BEGIN
  91 {
  92     Maasha::Biopieces::status_set();
  93 }
  94
  95
  96 END
  97 {
  98     Maasha::Biopieces::status_log();
  99 }
 100
 101
 102 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 103
 104
 105 __END__