bp_bin/transliterate_seq

   1 #!/usr/bin/env perl -w
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Transliterate chars from sequences in stream.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use strict;
  30 use Maasha::Biopieces;
  31
  32
  33 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  34
  35
  36 my ( $options, $in, $out, $record, $search, $replace, $delete );
  37
  38 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  39     [
  40         { long => 'search',  short => 's', type => 'string', mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  41         { long => 'replace', short => 'r', type => 'string', mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  42         { long => 'delete',  short => 'd', type => 'string', mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  43     ]
  44 );
  45
  46 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  47 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  48
  49 $search  = $options->{ "search" }  || "";
  50 $replace = $options->{ "replace" } || "";
  51 $delete  = $options->{ "delete" }  || "";
  52
  53 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  54 {
  55     if ( $record->{ "SEQ" } )
  56     {
  57         if ( $search and $replace ) {
  58             eval "\$record->{ 'SEQ' } =~ tr/$search/$replace/";
  59         } elsif ( $delete ) {
  60             eval "\$record->{ 'SEQ' } =~ tr/$delete//d";
  61         }
  62     }
  63
  64     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  65 }
  66
  67 Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
  68 Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
  69
  70
  71 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  72
  73
  74 BEGIN
  75 {
  76     Maasha::Biopieces::status_set();
  77 }
  78
  79
  80 END
  81 {
  82     Maasha::Biopieces::status_log();
  83 }
  84
  85
  86 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  87
  88
  89 __END__