bp_bin/translate_seq

   1 #!/usr/bin/env perl -w
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Translate peptide sequences in the stream.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use strict;
  30 use Maasha::Biopieces;
  31 use Maasha::Seq;
  32
  33
  34 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  35
  36
  37 my ( $options, $in, $out, $record, $frame, %new_record );
  38
  39 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  40     [
  41         { long => 'frames', short => 'f', type => 'list', mandatory => 'no', default => '1,2,3,-1,-2,-3', allowed => '1,2,3,-1,-2,-3', disallowed => undef },
  42     ]
  43 );
  44
  45 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  46 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  47
  48 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  49 {
  50     if ( $record->{ "SEQ" } )
  51     {
  52         if ( Maasha::Seq::seq_guess_type( $record->{ "SEQ" } ) eq "dna" )
  53         {
  54             foreach $frame ( @{ $options->{ "frames" } } )
  55             {
  56                 %new_record = %{ $record };
  57
  58                 $new_record{ "SEQ" }     = Maasha::Seq::translate( $record->{ "SEQ" }, $frame );
  59                 $new_record{ "SEQ_LEN" } = length $new_record{ "SEQ" };
  60                 $new_record{ "FRAME" }   = $frame;
  61
  62                 Maasha::Biopieces::put_record( \%new_record, $out );
  63             }
  64         }
  65     }
  66     else
  67     {
  68         Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  69     }
  70 }
  71
  72
  73 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  74
  75
  76 BEGIN
  77 {
  78     $run_time_beg = Maasha::Biopieces::run_time();
  79
  80     Maasha::Biopieces::log_biopiece();
  81 }
  82
  83
  84 END
  85 {
  86     Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
  87     Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
  88
  89     $run_time_end = Maasha::Biopieces::run_time();
  90
  91     Maasha::Biopieces::run_time_print( $run_time_beg, $run_time_end, $options );
  92 }
  93
  94
  95 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  96
  97
  98 __END__
  99