bp_bin/sum_vals

   1 #!/usr/bin/env perl -w
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Calculate the total sums for the values of given keys.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use strict;
  30 use Maasha::Biopieces;
  31
  32
  33 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  34
  35
  36 my ( $run_time_beg, $run_time_end, $options, $in, $out, $record, $key, %sum_hash, $fh );
  37
  38 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  39     [
  40         { long => 'no_stream', short => 'x', type => 'flag', mandatory => 'no',  default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  41         { long => 'data_out',  short => 'o', type => 'file', mandatory => 'no',  default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  42         { long => 'keys',      short => 'k', type => 'list', mandatory => 'yes', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  43     ]
  44 );
  45
  46 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  47 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  48
  49 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  50 {
  51     foreach $key ( @{ $options->{ "keys" } } )
  52     {
  53         if ( $record->{ $key } ) {
  54             $sum_hash{ $key } += $record->{ $key };
  55         }
  56     }
  57
  58     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out ) if not $options->{ "no_stream" };
  59 }
  60
  61 $fh = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "data_out" } );
  62
  63 foreach $key ( @{ $options->{ "keys" } } ) {
  64     Maasha::Biopieces::put_record( { $key . "_SUM" => $sum_hash{ $key } || 0 } , $fh );
  65 }
  66
  67 close $fh;
  68
  69
  70 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  71
  72
  73 BEGIN
  74 {
  75     $run_time_beg = Maasha::Biopieces::run_time();
  76
  77     Maasha::Biopieces::log_biopiece();
  78 }
  79
  80
  81 END
  82 {
  83     Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
  84     Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
  85
  86     $run_time_end = Maasha::Biopieces::run_time();
  87
  88     Maasha::Biopieces::run_time_print( $run_time_beg, $run_time_end, $options );
  89 }
  90
  91
  92 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  93
  94
  95 __END__
  96