bp_bin/split_vals

   1 #!/usr/bin/env perl -w
   2
   3 use strict;
   4 use Data::Dumper;
   5 use Time::HiRes qw( gettimeofday );
   6 use Getopt::Long qw( :config bundling );
   7 use Maasha::Biopieces;
   8
   9
  10 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  11
  12
  13 my ( $script, $t0, $t1, %options, $in, $out, $record, @vals, $i );
  14
  15 $t0 = Time::HiRes::gettimeofday();
  16
  17 $script = ( split "/", $0 )[ -1 ];
  18
  19 Maasha::Biopieces::log_biopiece();
  20
  21 GetOptions(
  22     \%options,
  23     'key|k=s',
  24     'keys|K=s',
  25     'delimit|d=s',
  26     'stream_in|I=s',
  27     'stream_out|O=s',
  28     'verbose|v',
  29     'help|?'
  30 );
  31
  32 $options{ "keys" }    = [ split ",", $options{ "keys" } ] if defined $options{ "keys" };
  33 $options{ "delimit" } = '_' if not defined $options{ "delimit" };
  34
  35 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options{ "stream_in" } );
  36 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options{ "stream_out" } );
  37
  38 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  39 {
  40     if ( exists $options{ 'key' } and exists $record->{ $options{ 'key' } } )
  41     {
  42         @vals = split /$options{ 'delimit' }/, $record->{ $options{ 'key' } };
  43
  44         for ( $i = 0; $i < @vals; $i++ )
  45         {
  46             if ( defined $options{ "keys" } and defined $options{ "keys" }->[ $i ] ) {
  47                 $record->{ $options{ "keys" }->[ $i ] } = $vals[ $i ];
  48             } else {
  49                 $record->{ $options{ 'key' } . "_$i" } = $vals[ $i ];
  50             }
  51         }
  52     }
  53
  54     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  55 }
  56
  57 $t1 = Time::HiRes::gettimeofday();
  58
  59 print STDERR "Program: $script" . ( " " x ( 25 - length( $script ) ) ) . sprintf( "Run time: %.4f\n", ( $t1 - $t0 ) ) if $options{ 'verbose' };
  60
  61
  62 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  63
  64
  65 __END__
  66