bp_bin/split_vals

   1 #!/usr/bin/env perl -w
   2
   3 use strict;
   4 use Maasha::Biopieces;
   5
   6
   7 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
   8
   9
  10 my ( $run_time_beg, $run_time_end, $options, $in, $out, $record, @vals, $i );
  11
  12 $run_time_beg = Maasha::Biopieces::run_time();
  13
  14 Maasha::Biopieces::log_biopiece();
  15
  16 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  17     [
  18         { long => 'key',     short => 'k', type => 'string', mandatory => 'yes', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  19         { long => 'keys',    short => 'K', type => 'list',   mandatory => 'no',  default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  20         { long => 'delimit', short => 'd', type => 'string', mandatory => 'no',  default => '_',   allowed => undef, disallowed => undef },
  21     ]
  22 );
  23
  24 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  25 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  26
  27 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  28 {
  29     if ( exists $options->{ 'key' } and exists $record->{ $options->{ 'key' } } )
  30     {
  31         @vals = split /$options->{ 'delimit' }/, $record->{ $options->{ 'key' } };
  32
  33         for ( $i = 0; $i < @vals; $i++ )
  34         {
  35             if ( defined $options->{ "keys" } and defined $options->{ "keys" }->[ $i ] ) {
  36                 $record->{ $options->{ "keys" }->[ $i ] } = $vals[ $i ];
  37             } else {
  38                 $record->{ $options->{ 'key' } . "_$i" } = $vals[ $i ];
  39             }
  40         }
  41     }
  42
  43     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  44 }
  45
  46 close $in;
  47 close $out;
  48
  49 $run_time_end = Maasha::Biopieces::run_time();
  50
  51 Maasha::Biopieces::run_time_print( $run_time_beg, $run_time_end, $options );
  52
  53
  54 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  55
  56
  57 __END__
  58