bp_bin/split_seq

   1 #!/usr/bin/env perl -w
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Split sequences in the stream into overlapping subsequences.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use strict;
  30 use Maasha::Biopieces;
  31
  32
  33 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  34
  35
  36 my ( $run_time_beg, $run_time_end, $options, $in, $out, $record, $new_record, $i, $subseq, %lookup );
  37
  38 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  39     [
  40         { long => 'word_size', short => 'w', type => 'uint', mandatory => 'no', default => 7,     allowed => undef, disallowed => 0 },
  41         { long => 'uniq',      short => 'u', type => 'flag', mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  42     ]
  43 );
  44
  45 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  46 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  47
  48 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  49 {
  50     if ( $record->{ "SEQ_NAME" } and $record->{ "SEQ" } )
  51     {
  52         for ( $i = 0; $i < length( $record->{ "SEQ" } ) - $options->{ "word_size" } + 1; $i++ )
  53         {
  54             $subseq = substr $record->{ "SEQ" }, $i, $options->{ "word_size" };
  55
  56             if ( $options->{ "uniq" } and not $lookup{ $subseq } )
  57             {
  58                 $new_record->{ "SEQ_NAME" } = $record->{ "SEQ_NAME" } . "[" . ( $i + 1 ) . "-" . ( $i + $options->{ "word_size" } ) . "]";
  59                 $new_record->{ "SEQ" }      = $subseq;
  60
  61                 Maasha::Biopieces::put_record( $new_record, $out );
  62
  63                 $lookup{ $subseq } = 1;
  64             }
  65             else
  66             {
  67                 $new_record->{ "SEQ_NAME" } = $record->{ "SEQ_NAME" } . "[" . ( $i + 1 ) . "-" . ( $i + $options->{ "word_size" } ) . "]";
  68                 $new_record->{ "SEQ" }      = $subseq;
  69
  70                 Maasha::Biopieces::put_record( $new_record, $out );
  71             }
  72         }
  73     }
  74     else
  75     {
  76         Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  77     }
  78 }
  79
  80
  81 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  82
  83
  84 BEGIN
  85 {
  86     $run_time_beg = Maasha::Biopieces::run_time();
  87
  88     Maasha::Biopieces::log_biopiece();
  89 }
  90
  91
  92 END
  93 {
  94     Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
  95     Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
  96
  97     $run_time_end = Maasha::Biopieces::run_time();
  98
  99     Maasha::Biopieces::run_time_print( $run_time_beg, $run_time_end, $options );
 100 }
 101
 102
 103 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 104
 105
 106 __END__
 107