bp_bin/split_bed

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Split BED entries into overlapping windows.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use strict;
  30 use Maasha::Biopieces;
  31
  32
  33 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  34
  35
  36 my ( $options, $in, $out, $record, $new_record, $i );
  37
  38 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  39     [
  40         { long => 'window_size', short => 'w', type => 'uint', mandatory => 'no', default => 20, allowed => undef, disallowed => 0 },
  41         { long => 'step_size',   short => 's', type => 'uint', mandatory => 'no', default => 1,  allowed => undef, disallowed => 0 },
  42     ]
  43 );
  44
  45 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  46 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  47
  48 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  49 {
  50     if ( $record->{ "CHR" } and $record->{ "CHR_BEG" } and $record->{ "CHR_END" } )
  51     {
  52         $record->{ "BED_LEN" } = $record->{ "CHR_END" } - $record->{ "CHR_BEG" } + 1;
  53
  54         for ( $i = 0; $i < $record->{ "BED_LEN" } - $options->{ "window_size" }; $i += $options->{ "step_size" } )
  55         {
  56             $new_record->{ "REC_TYPE" } = "BED";
  57             $new_record->{ "CHR" }      = $record->{ "CHR" };
  58             $new_record->{ "CHR_BEG" }  = $record->{ "CHR_BEG" } + $i;
  59             $new_record->{ "CHR_END" }  = $record->{ "CHR_BEG" } + $i + $options->{ "window_size" };
  60             $new_record->{ "BED_LEN" }  = $options->{ "window_size" };
  61             $new_record->{ "Q_ID" }     = $record->{ "Q_ID" } . "_$i";
  62             $new_record->{ "SCORE" }    = $record->{ "SCORE" };
  63             $new_record->{ "STRAND" }   = $record->{ "STRAND" };
  64
  65             Maasha::Biopieces::put_record( $new_record, $out );
  66         }
  67     }
  68     else
  69     {
  70         Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  71     }
  72 }
  73
  74 Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
  75 Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
  76
  77
  78 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  79
  80
  81 BEGIN
  82 {
  83     Maasha::Biopieces::status_set();
  84 }
  85
  86
  87 END
  88 {
  89     Maasha::Biopieces::status_log();
  90 }
  91
  92
  93 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  94
  95
  96 __END__