bp_bin/split_bed

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Split BED entries into overlapping windows.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use warnings;
  30 use strict;
  31 use Maasha::Biopieces;
  32
  33
  34 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  35
  36
  37 my ( $options, $in, $out, $record, $new_record, $i );
  38
  39 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  40     [
  41         { long => 'window_size', short => 'w', type => 'uint', mandatory => 'no', default => 20, allowed => undef, disallowed => 0 },
  42         { long => 'step_size',   short => 's', type => 'uint', mandatory => 'no', default => 1,  allowed => undef, disallowed => 0 },
  43     ]
  44 );
  45
  46 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  47 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  48
  49 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  50 {
  51     if ( $record->{ "CHR" } and $record->{ "CHR_BEG" } and $record->{ "CHR_END" } )
  52     {
  53         $record->{ "BED_LEN" } = $record->{ "CHR_END" } - $record->{ "CHR_BEG" } + 1;
  54
  55         for ( $i = 0; $i < $record->{ "BED_LEN" } - $options->{ "window_size" }; $i += $options->{ "step_size" } )
  56         {
  57             $new_record->{ "REC_TYPE" } = "BED";
  58             $new_record->{ "CHR" }      = $record->{ "CHR" };
  59             $new_record->{ "CHR_BEG" }  = $record->{ "CHR_BEG" } + $i;
  60             $new_record->{ "CHR_END" }  = $record->{ "CHR_BEG" } + $i + $options->{ "window_size" };
  61             $new_record->{ "BED_LEN" }  = $options->{ "window_size" };
  62             $new_record->{ "Q_ID" }     = $record->{ "Q_ID" } . "_$i";
  63             $new_record->{ "SCORE" }    = $record->{ "SCORE" };
  64             $new_record->{ "STRAND" }   = $record->{ "STRAND" };
  65
  66             Maasha::Biopieces::put_record( $new_record, $out );
  67         }
  68     }
  69     else
  70     {
  71         Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  72     }
  73 }
  74
  75 Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
  76 Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
  77
  78
  79 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  80
  81
  82 BEGIN
  83 {
  84     Maasha::Biopieces::status_set();
  85 }
  86
  87
  88 END
  89 {
  90     Maasha::Biopieces::status_log();
  91 }
  92
  93
  94 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  95
  96
  97 __END__