bp_bin/sort_records

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Sort records in the stream.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use strict;
  30 use Maasha::Biopieces;
  31
  32
  33 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  34
  35
  36 my ( $options, $in, $out, @keys, $key, @sort_cmd, $sort_str, $sort_sub, @records, $record, $i, $ok );
  37
  38 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  39     [
  40         { long => 'keys',    short => 'k', type => 'list', mandatory => 'yes', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  41         { long => 'reverse', short => 'r', type => 'flag', mandatory => 'no',  default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  42     ]
  43 );
  44
  45 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  46 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  47
  48 foreach $key ( @{ $options->{ "keys" } } )
  49 {
  50     if ( $key =~ s/n$// ) {
  51         push @sort_cmd, qq(\$a->{ "$key" } <=> \$b->{ "$key" });
  52     } else {
  53         push @sort_cmd, qq(\$a->{ "$key" } cmp \$b->{ "$key" });
  54     }
  55 }
  56
  57 $sort_str = join " or ", @sort_cmd;
  58 $sort_sub = eval "sub { $sort_str }";   # NB security issue!
  59
  60 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  61 {
  62     $ok = 1;
  63     foreach $key ( @{ $options->{ "keys" } } )
  64     {
  65         if ( not exists $record->{ $key } )
  66         {
  67             $ok = 0;
  68             last;
  69         }
  70     }
  71
  72     push @records, $record if $ok;
  73 }
  74
  75 @records = sort $sort_sub @records;
  76
  77 if ( $options->{ "reverse" } )
  78 {
  79     for ( $i = scalar @records - 1; $i >= 0; $i-- ) {
  80         Maasha::Biopieces::put_record( $records[ $i ], $out );
  81     }
  82 }
  83 else
  84 {
  85     for ( $i = 0; $i < scalar @records; $i++ ) {
  86         Maasha::Biopieces::put_record( $records[ $i ], $out );
  87     }
  88 }
  89
  90 Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
  91 Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
  92
  93
  94 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  95
  96
  97 BEGIN
  98 {
  99     Maasha::Biopieces::status_set();
 100 }
 101
 102
 103 END
 104 {
 105     Maasha::Biopieces::status_log();
 106 }
 107
 108
 109 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 110
 111
 112 __END__