bp_bin/soap_seq

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Use soap to match short nucleotide sequences in the stream against a specified genome.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use warnings;
  30 use strict;
  31 use Maasha::Biopieces;
  32 use Maasha::Common;
  33 use Maasha::Filesys;
  34 use Maasha::Fasta;
  35
  36
  37 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  38
  39
  40 my ( $options, $in, $out, $tmp_dir, $tmp_in, $tmp_out, $fh_out, $record, $entry, $count, $args, $line, @fields );
  41
  42 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  43     [
  44         { long => 'in_file',    short => 'i', type => 'file',   mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  45         { long => 'genome',     short => 'g', type => 'genome', mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  46         { long => 'seed_size',  short => 's', type => 'uint',   mandatory => 'no', default => 10,    allowed => undef, disallowed => undef },
  47         { long => 'mismatches', short => 'm', type => 'uint',   mandatory => 'no', default => 2,     allowed => undef, disallowed => undef },
  48         { long => 'gap_size',   short => 'G', type => 'uint',   mandatory => 'no', default => 0,     allowed => undef, disallowed => undef },
  49         { long => 'cpus',       short => 'c', type => 'uint',   mandatory => 'no', default => 1,     allowed => undef, disallowed => 0 },
  50     ]
  51 );
  52
  53 Maasha::Common::error( qq(both --in_file and --genome specified) ) if     $options->{ "genome" } and     $options->{ "in_file" };
  54 Maasha::Common::error( qq(no --in_file or --genome specified) )    if not $options->{ "genome" } and not $options->{ "in_file" };
  55
  56 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  57 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  58
  59 $options->{ "in_file" } = "$ENV{ 'BP_DATA' }/genomes/$options->{ 'genome' }/fasta/$options->{ 'genome' }.fna" if $options->{ 'genome' };
  60
  61 $tmp_dir = Maasha::Biopieces::get_tmpdir();
  62 $tmp_in  = "$tmp_dir/soap_query.seq";
  63 $tmp_out = "$tmp_dir/soap.result";
  64
  65 $fh_out = Maasha::Common::write_open( $tmp_in );
  66
  67 $count = 0;
  68
  69 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  70 {
  71     if ( $entry = Maasha::Fasta::biopiece2fasta( $record ) )
  72     {
  73         Maasha::Fasta::put_entry( $entry, $fh_out );
  74
  75         $count++;
  76     }
  77
  78     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  79 }
  80
  81 close $fh_out;
  82
  83 if ( $count > 0 )
  84 {
  85     $args = join( " ",
  86         "-s $options->{ 'seed_size' }",
  87         "-r 2",
  88         "-a $tmp_in",
  89         "-v $options->{ 'mismatches' }",
  90         "-g $options->{ 'gap_size' }",
  91         "-p $options->{ 'cpus' }",
  92         "-d $options->{ 'in_file' }",
  93         "-o $tmp_out",
  94     );
  95
  96     $args .= " > /dev/null 2>&1" if not $options->{ 'verbose' };
  97
  98     Maasha::Common::run( "soap", $args, 1 );
  99
 100     unlink $tmp_in;
 101
 102     $fh_out = Maasha::Filesys::file_read_open( $tmp_out );
 103
 104     undef $record;
 105
 106     while ( $line = <$fh_out> )
 107     {
 108         chomp $line;
 109
 110         @fields = split /\t/, $line;
 111
 112         $record->{ "REC_TYPE" }   = "SOAP";
 113         $record->{ "Q_ID" }       = $fields[ 0 ];
 114         $record->{ "SCORE" }      = $fields[ 3 ];
 115         $record->{ "STRAND" }     = $fields[ 6 ];
 116         $record->{ "S_ID" }       = $fields[ 7 ];
 117         $record->{ "S_BEG" }      = $fields[ 8 ] - 1; # soap is 1-based
 118         $record->{ "S_END" }      = $fields[ 8 ] + $fields[ 5 ] - 2;
 119
 120         Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
 121     }
 122
 123     close $fh_out;
 124 }
 125
 126 unlink $tmp_out;
 127
 128 Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
 129 Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
 130
 131
 132 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 133
 134
 135 BEGIN
 136 {
 137     Maasha::Biopieces::status_set();
 138 }
 139
 140
 141 END
 142 {
 143     Maasha::Biopieces::status_log();
 144 }
 145
 146
 147 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 148
 149
 150 __END__