bp_bin/shred_seq

   1 #!/usr/bin/env ruby
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2011 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  22
  23 # This program is part of the Biopieces framework (www.biopieces.org).
  24
  25 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  26
  27 # Shred sequences in the stream into subsequences.
  28
  29 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  30
  31
  32 require 'biopieces'
  33 require 'seq'
  34 require 'pp'
  35
  36 class Seq
  37   # Method that shreds the sequence of a sequence object into
  38   # random subsequences of a specified size. Subsequences are
  39   # alternatly picked from the + or - strand (i.e. reverse complemented)
  40   # until the specified coverage is reached.
  41   #
  42   # seq.shred { |subseq| } -> Seq
  43   # seq.shred              -> []
  44   def shred(size, max_cov)
  45     entries = []
  46     sum     = 0
  47     strand  = '+'
  48
  49     while (sum / self.seq.length) < max_cov
  50       if self.seq.size - size == 0
  51         start = 0
  52       else
  53         start = rand(self.seq.size - size)
  54       end
  55
  56       stop     = start + size - 1
  57       seq_name = self.seq_name + "[#{start + 1}-#{stop + 1}:#{strand}]"
  58       seq      = self.seq[start .. stop]
  59       entry    = Seq.new(seq_name, seq, 'dna')
  60
  61       entry.revcomp if strand == '-'
  62
  63       if block_given?
  64         yield entry
  65       else
  66         entries << entry
  67       end
  68
  69       strand = (strand == '+') ? '-' : '+'
  70
  71       sum += size
  72     end
  73
  74     entries
  75   end
  76 end
  77
  78 casts = []
  79 casts << {:long=>'size',     :short=>'s', :type=>'uint', :mandatory=>true, :default=>500, :allowed=>nil, :disallowed=>'0'}
  80 casts << {:long=>'coverage', :short=>'c', :type=>'uint', :mandatory=>true, :default=>100, :allowed=>nil, :disallowed=>'0'}
  81
  82 bp = Biopieces.new
  83
  84 options = bp.parse(ARGV, casts)
  85
  86 bp.each_record do |record|
  87   if record.has_key? :SEQ and record[:SEQ].length >= options[:size]
  88     entry = Seq.new(record[:SEQ_NAME], record[:SEQ], record[:SCORES])
  89
  90     entry.shred(options[:size], options[:coverage]) do |subentry|
  91       bp.puts subentry.to_bp
  92     end
  93   end
  94 end
  95
  96 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  97
  98
  99 __END__